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CHIP心得體會(huì)
閱讀：387 發(fā)布時(shí)間：2014-12-121,、cell counting：盡量做到準(zhǔn)確，會(huì)影響input結(jié)果,。
2,、cross link：甲醛的終濃度是1%，這個(gè)基本所有的protocol上都會(huì)強(qiáng)調(diào),。
3,、resuspend cellswith SDS:一定要選用小的tip頭，在液面下吹打,，否則很容易產(chǎn)生氣泡,，后面的sonication就麻煩了。
4,、sonication：ChIP中zui重要的一部分,，合適的條件要自己摸索，可以一次嘗試不同次數(shù)的sonication，然后建議采用EZ-ChIP上推薦的方法看看sonication的效果如何,。
5,、加入salmon spermDNA/Protein A or G之前要先混勻，因?yàn)閟almon sperm DNA是很粘稠的物質(zhì),，若不混勻,，后面你會(huì)發(fā)現(xiàn)beads的量不一樣，自然也會(huì)影響實(shí)驗(yàn)的結(jié)果,。
6,、wash 的時(shí)候前面幾個(gè)步驟可以不用洗的太干凈，但zui后一個(gè)要盡量吸干凈,，必要時(shí)可用gel loading tips吸,。
7、含beads的samples離心時(shí),，有的protocol上推薦是1000rpm,，45秒，但可以根據(jù)情況調(diào)整,，但要注意轉(zhuǎn)速不能太快防止beads破碎,。（當(dāng)然如果采用的是magnetic的beads就不存在這個(gè)問題）
8、reverse crosslink可以是65°4個(gè)小時(shí),，也可以overnight,。
9、reverse crosslink后的在進(jìn)行下面步驟之前建議先離心,，把蒸發(fā)到離心管蓋子上的部分離下來,。
10、每次行real time PCR之前都要把sample離心保證取樣的準(zhǔn)確,。
11,、1~10ul的槍取3ul以上才比較準(zhǔn)確,，所以考慮好自己PCR反應(yīng)體系的配置,。
12、一個(gè)ChIP一般需要3~4天的時(shí)間,，其中有幾個(gè)步驟是可以停下來的：
（1）細(xì)胞收集：用含蛋白酶抑制劑的PBS洗滌離心,，去上清的細(xì)胞收集液可置-80°凍存；
（2）用SDS重懸細(xì)胞后可置-80°凍存,；
（3）sonication結(jié)束,，離心后的上清置新的離心管后可-80°凍存；
（4）reverse cross-link后的標(biāo)本可-80°凍存,。
13,、agarose beads 的wash過程中以及后面的DNA提取過程中乙醇的wash，可以用細(xì)胞室的那種吸引器，接上200ul的tip頭吸,，這樣會(huì)節(jié)省很多時(shí)間（每個(gè)實(shí)驗(yàn)室情況可能不一樣）,。
14、DNA提取后建議用水溶解DNA,，因?yàn)門E buffer里的EDTA可能會(huì)影響PCR反應(yīng)體系中的Mg2+,。
15、溶解DNA的水量可以根據(jù)PCR反應(yīng)體系的要求適當(dāng)調(diào)整,。