1．為什么通過elisa,、WB能檢測到的蛋白在itraq實驗中沒有檢測到,？

     人血漿中的蛋白是有上萬種的,，而一般質(zhì)譜只能檢測到五六百種,，也就是說只占了其中的百分之幾，這是普遍現(xiàn)象,，說明咱們的方法是不存在問題的,；其次，ELISA/WB與質(zhì)譜相對來說靈敏度不一樣,，前者具有放大效應(yīng),，因為其間會用到相應(yīng)的抗體，所以只要選對抗體,，感興趣的蛋白基本都會被檢測到,；因此， ELISA/WB檢測到的蛋白在組學(xué)中沒有被檢測到也是正常的,。

2．itraq的結(jié)果,，用elisa驗證了兩個差異蛋白，發(fā)現(xiàn)都是陰性結(jié)果,，是什么情況,，出現(xiàn)陰性的概率有多大？一般我們會提到這個概率嗎,？

     iTRAQ結(jié)果中,，選擇的蛋白是否得分夠高，變化倍數(shù)大不大,，選擇的抗體特異性是否好,，都可能會影響WB和iTRAQ的結(jié)果，如果以上三方面沒有什么問題的話,，基本上80%還是方向一致的,。

3．iTRAQ、TMT,、Labe lfree實驗用的是什么質(zhì)譜儀,，其定量是基于一級質(zhì)譜還是二級質(zhì)譜？

      基于LC-MSMS的實驗技術(shù)主要使用的是ABI5600-Triple-TOF,，同時公司也具有Thermo Q-Exactive質(zhì)譜儀平臺,，部分實驗項目使用的是QE-Exactive完成。其中標(biāo)記定量技術(shù)iTRAQ和TMT是依據(jù)二級質(zhì)譜的報告基團離子峰進行定量,，而Labe lfree是基于一級質(zhì)譜峰進行定量,。

4．蛋白組學(xué)實驗文章一般發(fā)表在哪些期刊上，各有什么區(qū)別,？

MCP（molecular & cellular proteomics（影響因子7分左右）

JPR(journal of proteome research（影響因子5分左右）

Proteomics（影響因子4分左右）

Journal of Prteomics(影響因子4分左右),

Electrophoresis(影響因子4分左右),

Plos One(影響因子3分左右),

其它的雜志還包括BMC Genomics, Expert Rev Proteomics, BMC Syst Biol, OMICS, Proteomics Clin Appl, Proteome Sci

5．有兩個Mix混樣,，在計算差異表達(dá)蛋白時如何使用？

     計算差異表達(dá)蛋白時,，將WT組（113,、114,、115）與Mix1（119）和Mix2（121）的比值取平均值，APO1組（116,、117,、118）與Mix1（119）和Mix2（121）的比值取平均值，平均值再進行差異篩選,。

6．生物學(xué)重復(fù)和技術(shù)重復(fù)的區(qū)別,？

      生物學(xué)重復(fù)是指不同生物個體或者不同生物群體的樣品之間進行地相同處理而進行的實驗，而技術(shù)重復(fù)是指同一樣品進行的多次相同實驗,。舉例：對來自三只健康小鼠A,、B、C的血清樣品分別各進行一次雙向電泳,，這三次雙向電泳就是生物學(xué)重復(fù),；而取其中一只小鼠的血清樣品進行三次雙向電泳，或者將三只小鼠的血清混合后的樣品進行三次雙向電泳,，這三次實驗就是技術(shù)重復(fù),。總結(jié)生物學(xué)重復(fù)的樣品來自不同的個體或者是群體,，重復(fù)之間樣品不同,；而技術(shù)重復(fù)的幾次實驗的樣品wan全相同，可以來自單一個體,，也可以是多個個體的混合樣品,，但用于重復(fù)實驗的樣品wan全一樣。

7．結(jié)果報告中怎么沒有差異多肽的定量,？

      多肽組質(zhì)譜數(shù)據(jù)進行搜庫匹配后的結(jié)果會進行歸一化整理并尋找差異多肽,，所以說差異多肽的定量結(jié)果是有的，且以Excel發(fā)給客戶,，報告中一般會提及差異多肽的個數(shù),，具體的定量信息如果客戶有需求也是可以添加的。