所有DNA功能都取決于其與特定蛋白質(zhì)的相互作用。這些相互作用可以是非特異性的,，也可以是極其特異性的,。還有許多可以結(jié)合DNA的酶，其中,，在DNA轉(zhuǎn)錄和復(fù)制中復(fù)制DNA序列的聚合酶特別重要,。

DNA與組織蛋白的交互作用，這種蛋白質(zhì)中的堿性氨基酸,，可與DNA上的酸性磷酸基團(tuán)結(jié)合,。

結(jié)合DNA的蛋白質(zhì)

結(jié)構(gòu)蛋白可與DNA結(jié)合,，是非專(zhuān)一性DNA-蛋白質(zhì)交互作用的常見(jiàn)例子。染色體中的結(jié)構(gòu)蛋白與DNA組合成復(fù)合物,，使DNA組織成緊密結(jié)實(shí)的染色質(zhì)構(gòu)造,。對(duì)真核生物來(lái)說(shuō)，染色質(zhì)是由脫DNA與一種稱(chēng)為組織蛋白的小型堿性蛋白質(zhì)所組合而成,；而原核生物體內(nèi)的此種結(jié)構(gòu),，則摻雜了多種類(lèi)型的蛋白質(zhì)。

DNA可在組織蛋白的表面上附著并纏繞整整兩圈,，以形成一種稱(chēng)為核小體的盤(pán)狀復(fù)合物,。組織蛋白里的堿性殘基，與DNA的酸性糖磷酸骨架之間可形成離子鍵,，使兩者發(fā)生非專(zhuān)一性交互作用,，也使復(fù)合物中的堿基序列相互分離。

在堿性氨基酸殘基上所發(fā)生的化學(xué)修飾有甲基化,、磷酸化與乙?；龋@些化學(xué)作用可使DNA與組織蛋白之間的作用強(qiáng)度發(fā)生變化,，進(jìn)而使DNA與轉(zhuǎn)錄因子接觸的難易度改變,，影響轉(zhuǎn)錄作用的速率。其他位于染色體內(nèi)的非專(zhuān)一性DNA結(jié)合蛋白,，還包括一種能優(yōu)先與DNA結(jié)合,，并使其扭曲的高移動(dòng)性群蛋白。這類(lèi)蛋白質(zhì)可以改變核小體的排列方式,，產(chǎn)生更復(fù)雜的染色質(zhì)結(jié)構(gòu),。

DNA結(jié)合蛋白中有一種專(zhuān)門(mén)與單鏈DNA結(jié)合的類(lèi)型，稱(chēng)為單鏈DNA結(jié)合蛋白,。人類(lèi)的復(fù)制蛋白A是此類(lèi)蛋白中獲得較多研究的成員,，作用于多數(shù)與解開(kāi)雙螺旋有關(guān)的過(guò)程，包括DNA復(fù)制,、重組以及DNA修復(fù),。這類(lèi)結(jié)合蛋白可固定單鏈DNA，使其變得較為穩(wěn)定,，以避免形成莖環(huán)（stem-loop）,，或是因?yàn)?/span>核酸酶的作用而水解。

相對(duì)而言,，其他的蛋白質(zhì)則只能與特定的DNA序列進(jìn)行專(zhuān)一性結(jié)合,。大多數(shù)關(guān)于此類(lèi)蛋白質(zhì)的研究集中于各種可調(diào)控轉(zhuǎn)錄作用的轉(zhuǎn)錄因子。這類(lèi)蛋白質(zhì)中的每一種,，都能與特定的DNA序列結(jié)合,，進(jìn)而活化或抑制位于啟動(dòng)子附近序列的基因轉(zhuǎn)錄作用,。轉(zhuǎn)錄因子有兩種作用方式，第一種可以直接或經(jīng)由其他中介蛋白質(zhì)的作用,，而與負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)錄的RNA聚合酶結(jié)合,，再使聚合酶與啟動(dòng)子結(jié)合，并開(kāi)啟轉(zhuǎn)錄作用,。第二種則與專(zhuān)門(mén)修飾組織蛋白的酵素結(jié)合于啟動(dòng)子上,，使DNA模板與聚合酶發(fā)生接觸的難度改變。

由于目標(biāo)DNA可能散布在生物體中的整個(gè)基因組中,，因此改變一種轉(zhuǎn)錄因子的活性可能會(huì)影響許多基因的運(yùn)作,。這些轉(zhuǎn)錄因子也因此經(jīng)常成為信號(hào)傳遞過(guò)程中的作用目標(biāo)，也就是作為細(xì)胞反映環(huán)境改變,，或是進(jìn)行分化和發(fā)育時(shí)的媒介,。具專(zhuān)一性的轉(zhuǎn)錄因子會(huì)與DNA發(fā)生交互作用，使DNA堿基的周?chē)a(chǎn)生許多接觸點(diǎn),，讓其他蛋白質(zhì)得以“讀取"這些DNA序列,。多數(shù)的堿基交互作用發(fā)生在大凹槽，也就是最容易從外界接觸堿基的部位,。

結(jié)合DNA的酶

核酸酶和連接酶：核酸酶是能夠切割DNA鏈的酶,，因?yàn)樗鼈兇呋?/span>磷酸二酯鍵的水解。從位于DNA鏈末端的核苷酸開(kāi)始水解DNA的核酸酶稱(chēng)為核酸外切酶,。另一方面,，直接切入DNA鏈的那些是內(nèi)切核酸酶。分子生物學(xué)中使用zuiguang泛的核酸酶,，稱(chēng)為限制性?xún)?nèi)切酶，以切割特定序列的DNA,。在自然界中,，這種酶通過(guò)在進(jìn)入細(xì)菌細(xì)胞時(shí)消化噬菌體DNA來(lái)保護(hù)細(xì)菌免受噬菌體感染。通常,，限制性核酸酶識(shí)別特定的回文核苷酸序列,，稱(chēng)為限制性位點(diǎn)。這些酶廣泛用于涉及在載體內(nèi)亞克隆DNA的技術(shù)中,。

DNA連接酶：是能夠使用來(lái)自ATP或NAD的化學(xué)能將先前切割或斷裂的DNA鏈聚集在一起的酶,。連接酶在DNA滯后鏈復(fù)制中特別重要，因?yàn)樗鼈儗樗槠M合成DNA鏈,。連接酶在DNA修復(fù)和基因重組中也發(fā)揮重要作用,。

拓?fù)洚悩?gòu)酶和解旋酶： 拓?fù)洚悩?gòu)酶是具有活性核酸酶和連接酶的酶。這些酶能夠改變DNA的拓?fù)涮匦?。它們中的一些通過(guò)切割DNA螺旋并允許其旋轉(zhuǎn),，降低其超螺旋程度,，然后通過(guò)連接酶將兩端連接。另一方面,，其它拓?fù)洚悩?gòu)酶能夠在連接斷裂的DNA鏈之前,，切斷螺旋，并允許第二個(gè)螺旋通過(guò)斷裂部位,。拓?fù)洚悩?gòu)酶是許多涉及DNA的過(guò)程所必需的,，例如DNA復(fù)制和轉(zhuǎn)錄。解旋酶是能夠利用核苷三磷酸中存在的化學(xué)能的蛋白質(zhì),，尤其是ATP,，以破壞核堿基之間形成的氫鍵，從而允許DNA的雙螺旋打開(kāi)成單鏈,。

聚合酶：聚合酶是從核苷三磷酸合成多核苷酸鏈的酶,。它們通過(guò)向鏈上存在的先前核苷酸的3'-OH添加核苷酸起作用。因此,，所有聚合酶都以5' - 3'方向起作用,。DNA復(fù)制需要DNA依賴(lài)的DNA聚合酶，實(shí)現(xiàn)DNA序列的wanmei拷貝,。有些DNA聚合酶具有校對(duì)功能,，能夠檢測(cè)含氮堿基之間的錯(cuò)配錯(cuò)誤并激活3'或5'外切核酸酶作用以去除不正確的堿基 。 在大多數(shù)生物體中,，DNA聚合酶在稱(chēng)為replisoma的較大蛋白質(zhì)復(fù)合物中起作用,，該復(fù)合體由許多酶例如解旋酶組成。 RNA依賴(lài)的DNA聚合酶是使用RNA片段作為模板合成DNA的特殊類(lèi)聚合酶,，包括逆轉(zhuǎn)錄酶（一種參與逆轉(zhuǎn)錄病毒感染的病毒酶）和端粒酶（它是端粒復(fù)制所必需的）,。 與DNA依賴(lài)性DNA聚合酶一樣，這些RNA依賴(lài)的DNA聚合酶也在由輔助分子和調(diào)節(jié)分子組成的廣泛蛋白質(zhì)復(fù)合物中起作用,。