RM8375微生物基因組(美國nist標準品)旨在用于微生物全基因組測序的驗證,、優(yōu)化,、過程評估和性能評估,。特別注意評估基因組序列,。該材料旨在幫助評估高通量微生物 DNA 測序方法的性能,。該基因組 DNA 已從細胞培養(yǎng)物中提取,。因為 RM 是提取的 DNA，所以它不評估 DNA 提取等分析前步驟,。然而,，它確實對測序文庫制備、測序機器,、堿基調(diào)用算法和隨后的生物信息學分析提出了挑戰(zhàn),。此 RM 并非旨在評估其他生物信息學步驟，例如菌株鑒定,、系統(tǒng)發(fā)育分析或基因組注釋,。基因組 DNA 的純度被評估為適合這些目的,。

 RM 8375 的一個單元由四個小瓶組成,。每個小瓶包含不同的微生物基因組 DNA 樣本（MG-001 鼠傷寒沙門氏菌 LT2、MG-002 金黃色葡萄球菌,、MG-003 銅綠假單胞菌和 MG-004 產(chǎn)孢梭菌）,。

目前為全基因組序列提供信息值，以實現(xiàn)對變異調(diào)用的性能評估,。信息值被認為是 RM 用戶感興趣和使用的值,，但沒有足夠的信息來評估與該值相關(guān)的不確定性。

RM8375微生物基因組(美國nist標準品) 在 NIST 的 –20 °C 溫度下儲存,，但將與冷凍包裝一起運輸,，并且可能不會冷凍到達,。收到后,，RM 8375 應(yīng)在 –20 °C 的黑暗中長期儲存，或在 4 °C 的黑暗中短期儲存（如果使用時間可能在大約 8 周內(nèi)）,。

建議使用基因組序列來評估變異調(diào)用的準確性,，而不是基因組組裝，因為正交測量方法對基因組序列結(jié)構(gòu)存在分歧,，并且無法解決差異,。由于與用于評估堿基調(diào)用準確性的方法相關(guān)的復雜性以及基因組序列中的潛在錯誤，強烈建議用戶手動檢查具有高堿基調(diào)用錯誤率的推定區(qū)域周圍的對齊讀數(shù),。參考文獻 3 概述了評估微生物基因組中變異調(diào)用的最佳實踐,。

這些組件基于來自多種測量方法的數(shù)據(jù)；我們使用多種正交方法對材料進行了評估,，以盡量減少與各個平臺相關(guān)的系統(tǒng)誤差的影響,。這些數(shù)據(jù)可在國家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案 (SRA) 中以生物樣品 SAMN02854572、SAMN02854573,、SAMN02854574 和 SAMN02854575 的 MG-001,、MG-002,、分別為 MG-003 和 MG-004 [4]。隨著測序技術(shù)和分析方法的改進,，基因組序列將更新并在 Github 站點上可用（參見上文“信息價值"）,。新版本號將指示更新的基因組序列以及描述更改的文本文件。在參考基因組中發(fā)現(xiàn)錯誤的用戶可以將他們的結(jié)果發(fā)布在參考 5 所示的網(wǎng)站上,，確認的錯誤將被納入下一次序列更新中,。