實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)原理及詳細(xì)操作步驟
實(shí)驗(yàn)方法原理:
實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù),,是指在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),,利用熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程,通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法,。
實(shí)驗(yàn)步驟:
一,、 樣品RNA的抽提
1. 取凍存已裂解的細(xì)胞,室溫放置5分鐘使其*溶解,。
2. 兩相分離 每1 ml的TRIZOL試劑裂解的樣品中加入0.2 ml的,蓋緊管蓋,。手動(dòng)劇烈振蕩管體15秒后,,15到30℃孵育2到3分鐘,。4℃下12 000 rpm離心15分鐘,。離心后混合液體將分為下層的紅色酚相,,中間層以及無(wú)色水相上層。RNA全部被分配于水相中,。水相上層的體積大約是勻漿時(shí)加入的TRIZOL試劑的60%。
3. RNA沉淀 將水相上層轉(zhuǎn)移到一干凈無(wú)RNA酶的離心管中,。加等體積異丙醇混合以沉淀其中的RNA,,混勻后15到30℃孵育10分鐘后,于4℃下12 000 rpm 離心10分鐘,。此時(shí)離心前不可見(jiàn)的RNA沉淀將在管底部和側(cè)壁上形成膠狀沉淀塊,。
4. RNA清洗 移去上清液,每1 mlTRIZOL試劑裂解的樣品中加入至少1 ml的75%乙醇(75%乙醇用DEPCH2O配制),,清洗RNA沉淀,。混勻后,,4℃下7 000 rpm離心5分鐘。
5. RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液,,使RNA沉淀在室溫空氣中干燥5-10分鐘,。
6. 溶解RNA沉淀 溶解RNA時(shí),先加入無(wú)RNA酶的水40μl用槍反復(fù)吹打幾次,,使其*溶解,,獲得的RNA溶液保存于-80℃待用。
二,、 RNA質(zhì)量檢測(cè)
1. 紫外吸收法測(cè)定
先用稀釋用的TE溶液將分光光度計(jì)調(diào)零,。然后取少量RNA溶液用TE稀釋?zhuān)?:100)后,讀取其在分光光度計(jì)260nm和280nm處的吸收值,,測(cè)定RNA溶液 濃度和純度,。
灌制凝膠板,,預(yù)留加樣孔至少可以加入25 μl溶液。膠凝后取下梳子,,將凝膠板放入電泳槽內(nèi),,加足量的1×MOPS電泳緩沖液至覆蓋膠面幾個(gè)毫米。
(2)準(zhǔn)備RNA樣品
取3 μgRNA,,加3倍體積的甲醛上樣染液,,加EB于甲醛上樣染液中至終濃度為10 μg/ml,。加熱至70℃孵育15分鐘使樣品變性。
(3)電泳
上樣前凝膠須預(yù)電泳5 min,,隨后將樣品加入上樣孔,。5-6 V/cm電壓下2 h,電泳至溴酚蘭指示劑進(jìn)膠至少2-3 cm,。
(4)紫外透射光下觀(guān)察并拍照
28S和18S核糖體RNA的帶非常亮而濃(其大小決定于用于抽提RNA的物種類(lèi)型),上面一條帶的密度大約是下面一條帶的2倍,。還有可能觀(guān)察到一個(gè)更小稍微擴(kuò)散的帶,,它由低分子量的RNA(tRNA和5S核糖體RNA)組成。在18S和28S核糖體帶之間可以看到一片彌散的EB染色物質(zhì),,可能是由mRNA和其它異型RNA組成,。RNA制備過(guò)程中如果出現(xiàn)DNA污染,,將會(huì)在28S核糖體RNA帶的上面出現(xiàn),即更高分子量的彌散遷移物質(zhì)或者帶,,RNA的降解表現(xiàn)為核糖體RNA帶的彌散,。用數(shù)碼照相機(jī)拍下電泳結(jié)果。