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如何提高DNA濃度/純度測定的準(zhǔn)確性,?

時間:2024/4/23閱讀:852
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分子生物學(xué)實驗中經(jīng)常需要對樣品進行濃度和純度的測定,,它相當(dāng)于一種質(zhì)控,以此來確保下游實驗的結(jié)果可靠,。


常用的DNA濃度/純度測定設(shè)備是紫外分光光度計,,它的原理是利用物質(zhì)分子對紫外可見光譜區(qū)的輻射吸收來進行分析物質(zhì)成分。


這樣來描述可能有點生硬,,我們舉個栗子:


假設(shè)現(xiàn)在有一樣物質(zhì)A,,它溶解在溶液內(nèi),當(dāng)光照射溶液時,,溶液內(nèi)的A會吸收一部分的光,。不同顏色的光有不同的波長,A對不同顏色的光(不同波長)的吸收程度是不一樣的,。


雙鏈的DNA,,它能對波長為260nm的光進行強烈的吸收,吸收的程度可以用一個叫吸光度的數(shù)值來測量,,濃度越高的DNA,,理論上吸光度也越高。


最后,,通過與標(biāo)準(zhǔn)品的吸光度數(shù)值對比后,,就可以知道未知濃度的DNA有多少量了。


如何提高DNA濃度/純度測定的準(zhǔn)確性,?


DNA濃度測定通常會使用紫外分光光度計,,常見的有NanoDrop這類設(shè)備。除了DNA,,它還能測定RNA和蛋白的吸光度,。

要提高濃度測定的準(zhǔn)確性,需要注意以下幾點:

  • 檢測之前,,務(wù)必充分混勻DNA溶液,因為這類機器的上樣檢測體積只需要1-2uL,,如果樣品沒有混勻,,那么每次檢測樣品濃度也會不一樣。

  • 因為上樣體積很小,,所以樣品很容易揮發(fā),,如果把樣品加在檢測基座后不馬上檢測的話,會導(dǎo)致測出來的樣品濃度偏高,。

  • 實驗環(huán)境和耗材的穩(wěn)定性要高,。檢測設(shè)備應(yīng)該在放置在溫度可控、通風(fēng)的環(huán)境下,;裝樣品的管子如果不是要進行吸取樣品操作的話,,需要時刻緊閉。

  • 每次檢測完畢,都需要對檢測基座或者比色皿進行清洗和擦拭,,確保不會有樣品殘留后,,再進行下一次上樣檢測。

  • 空白調(diào)零,,應(yīng)該使用溶解待檢測樣品的溶液來調(diào)零,。例如如果用水溶解DNA,那就用水調(diào)零,,用其他緩沖液溶解,,則用對應(yīng)的緩沖液調(diào)零。

在測定后,,我們通常會看到,,設(shè)備會提供幾個不同的結(jié)果給我們,有的是數(shù)值,,例如OD230,、OD260,有的是比值,,例如OD260:280,,那這些結(jié)果代表什么呢?

OD是optical density(光密度)的縮寫,表示被檢測物吸收的光密度,。

OD=lg(1/trans),,其中trans為被測物質(zhì)的透光值。

不同的OD以及OD比值,,代表不同的意義:

如何提高DNA濃度/純度測定的準(zhǔn)確性,?


【OD230】

提取核酸時會用到各種化合物,它們以鹽離子的形式存在,,例如胍鹽,、苯氧基離子、硫氰酸酯,。

這些鹽離子對230nm波長的紫外光有強烈的吸收值,。如果測定核酸時,發(fā)現(xiàn)OD230數(shù)值很高,,代表溶液中的鹽離子濃度很高,。

【OD260】

雙鏈DNA在這個波長下會對光有強烈的吸收。

【OD280】

芳香族氨基酸在這個波長下,,有強烈的光吸收,。如果該數(shù)值很高,代表DNA溶液中可能存在蛋白質(zhì)的污染.

【OD320】

通常是由光散射造成的,。如果該數(shù)值很高,,意味著溶液內(nèi)有顆粒物污染,、待檢器皿例如比色皿有污漬。

【OD260:OD280】

通常用于判斷DNA或RNA溶液的純度,。常用的指標(biāo)是:在OD230數(shù)值較低,,OD320數(shù)值較低的前提下。較高純度的DNA,,比值應(yīng)該為1.7~1.9之間,,較高純度的RNA,比值應(yīng)該為1.9~2.0之間,。

當(dāng)然,,以上測定的結(jié)果并非是絕對計數(shù)的數(shù)值,它是一個參考數(shù)值,,因為我們在測定時是不涉及用到標(biāo)準(zhǔn)品這樣?xùn)|西,,所以,也就是我們測出來的數(shù)可以作為一定程度的參考,。

而且,,當(dāng)一些外界因素影響時,測定也會出現(xiàn)偏差,,例如樣本含量非常非常低時,,測定的數(shù)值誤差就會很高并不具參考意義,設(shè)備耗材出現(xiàn)問題時,,測定的數(shù)值也會不準(zhǔn),。

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