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TRIzol提取細(xì)胞RNA的經(jīng)驗分享

時間:2024/3/26閱讀:854
分享:

一,、TRIzol法提取RNA的原理

Trizol是一種廣泛適用于多種樣品總RNA提取的試劑,,例如人,、動物,、植物和細(xì)菌、血液等,。一般提取的總RNA沒有DNA和蛋白質(zhì)污染,,常用于RT-qPCR、mRNA純化等實驗,。


廣譜型Trizol含有異硫氰酸胍/酚,,具有裂解能力,可在短時間內(nèi)裂解細(xì)胞和組織樣本并有效抑制RNase酶活性從而保證RNA的完整性。其原理是Trizol中異硫氰酸胍,、苯酚等不可逆地使蛋白質(zhì)和RNase變性,。隨后進(jìn)行離心。在酸性條件下,,總RNA保留在上層水相中,,而大部分DNA和蛋白質(zhì)保留在中間相或下層有機相中。然后通過用異丙醇沉淀回收總RNA,。


在這個過程中,,可利用吡咯碳酸二乙酯(DEPC)可滅活RNase酶,,75%的酒精洗滌RNA沉淀,,去除蛋白質(zhì),相關(guān)有機物的污染,;最后用無核酶水溶解白色沉淀得到所需RNA,。值得注意的是TRizol有毒,需在通風(fēng)櫥內(nèi)操作,,做好自我防護?。?/p>


二,、實驗步驟
以細(xì)胞6孔板為例:

通常情況下,,6孔板一般種100萬/孔細(xì)胞左右,對于TRIZOL法而言,,該細(xì)胞數(shù)目已經(jīng)足夠,,但對于新手而言,該數(shù)目提取的RNA濃度可能較低,,因此我一般做濃度梯度或者時間梯度實為了保證RNA足夠后續(xù)實驗要求,,因此我會再6孔板里面鋪200萬/孔細(xì)胞或者用6cm的中皿鋪300萬細(xì)胞。
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圖1. 六孔板(孔內(nèi)細(xì)胞經(jīng)過處理,,渾濁程度不同)
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圖2. 6cm培養(yǎng)皿

(1)對于細(xì)胞鋪板:一般情況下我會收集10cm的皿4個或者5個T25培養(yǎng)瓶,,一般情況下細(xì)胞生長較好可能會有3000-4000萬的細(xì)胞,多的有5000萬(懸浮細(xì)胞),。以懸浮細(xì)胞為例,,漿細(xì)胞收集至15ml離心管后,離心去上清,,再用1-2ml新鮮培養(yǎng)基重懸細(xì)胞,,通常會用1ml重懸。根據(jù)傳統(tǒng)的細(xì)胞計數(shù)板估計細(xì)胞數(shù)目:


①將計數(shù)板和蓋玻片擦干凈,,通常用酒精噴洗幾次,,將蓋玻片蓋在計數(shù)板上

②此時我們會對細(xì)胞重懸液進(jìn)行稀釋,一般稀釋10-20倍(20ul細(xì)胞懸液+180細(xì)胞培養(yǎng)基/20ul+380ul)

③計數(shù)板四個大方格細(xì)胞總數(shù),壓線細(xì)胞計左不計右,,按照公式:細(xì)胞數(shù)/ml:4個大格子細(xì)胞總數(shù)/4 ×稀釋倍數(shù)
例如:細(xì)胞重懸為2ml,,稀釋20倍,鋪6孔板,,每孔大約200萬個細(xì)胞則:四個大方格計數(shù)分別為36,38,39,48,,則平均數(shù)為40.25,細(xì)胞數(shù)目為40.25×20×10^4即大約有805萬個細(xì)胞/ml,。
鋪6孔板大約需要1200萬個細(xì)胞/2ml,,則將取樣誤差計算在內(nèi):1200/805≈1.5,最終取1.51ml=1510ul細(xì)胞加新鮮培養(yǎng)基至12.1ml,,驗證:(1.51×805)/12.1≈100萬細(xì)胞左右,,每孔取2ml。

(2)言歸正傳,,目前使用RNA裂解液(TRIZOL)提取RNA:需要自備無核酶水(DEPC水),,異丙醇,氯仿(目前一般用氯仿替代物),,無水乙醇,。主要注意事項是:保證無酶環(huán)境,在通風(fēng)櫥內(nèi)操作,!
1)貼壁細(xì)胞:先用PBS清洗細(xì)胞1~2次,,六孔板對照組和實驗組內(nèi)各加1mlRNA裂解液或0.5ml覆蓋細(xì)胞,吹打細(xì)胞使其裂解,,并將細(xì)胞+RNA提取液轉(zhuǎn)移至1.5mlEP管中(無酶),,做好標(biāo)記,室溫靜置5min左右,;

2) 向上述裂解液中加入1/5RNA裂解液體積的氯仿200ul(1ml)/100ul(0.5ml),,蓋緊管蓋,劇烈振蕩15s左右,,使兩者充分混合,,呈現(xiàn)乳濁狀(RNA裂解呈粉紅色),室溫靜置5min,。
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3)12000×g 4℃離心15min,,樣品分層:上層無色液體,中間層乳白絮狀沉淀(盡量不要吸取到,,可能會導(dǎo)致基因組DNA的污染),,下層粉紅色有機相,小心吸取上層無色液體至新的無酶EP管中,,通常情況下,,取小于RNA裂解液體積的60%約為500ul/200ul,。
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4)在新的EP管中加入等體積的異丙醇,上下顛倒混勻,,室溫放置10min,;
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5)2000×g 4℃離心10min,去上清,,出現(xiàn)白色膠狀沉淀即RNA,;

6)現(xiàn)配現(xiàn)用75%的乙醇(15ml離心管:11.25ml無水乙醇+3.75mlDEPC水/無RNase-free水),加入1.5ml離心管中,,輕輕將沉淀彈起洗滌沉淀,,7500g× 4℃。一般洗兩次,。

7)室溫晾干5min左右,,一般沒有被揮發(fā)的液體為無核酶水。最后加入30-50ul(一般加入30ul),,溶解沉淀,。放置-80保存以供后續(xù)使用,。
三,、注意事項
1、上述步驟為常規(guī)提取RNA的步驟,,前提是我們的細(xì)胞量足夠,,否則整個過程可能就非常考驗“信念感"(很可能在異丙醇沉淀RNA這一步驟未有白色沉淀出現(xiàn)):

(1)做過:6孔板每孔鋪100萬細(xì)胞,,3孔并提最終RNA濃度可達(dá)1000多ng/ul,,目前200萬每孔RNA濃度穩(wěn)定在300-500ng/ul(六孔板細(xì)胞鋪板數(shù)目有限);

(2)步驟3)中吸取水相時,,盡可能大小移液槍交替使用,,例如取500ul,可使用200ul,、100ul,、50ul等體積多次吸取,盡量不要吸取到中間的絮狀沉淀,。

2,、異丙醇沉淀RNA這一步很關(guān)鍵,在我們離心后吸取丟棄上清時,,在這一步之前我們有必要記住離心管放置的位置,,例如離心管蓋子方向統(tǒng)一朝外,根據(jù)離心方向,,我們可以有選擇吸棄上清,,如下圖所示。
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圖3. 離心管擺放位置
3、值得注意的是75%的酒精現(xiàn)配現(xiàn)用,,濃度過低洗滌不佳,,還會導(dǎo)致RNA溶解,事實上第二次洗滌沉淀時我們也可以使用100%酒精,,離心轉(zhuǎn)速7500×g或不更換轉(zhuǎn)速12000×g也可,,洗滌次數(shù)不能偷懶,洗滌不干凈可能會造成后期RNA濃度測定時蛋白質(zhì)污染,。

4,、室溫晾干RNA沉淀時,可以倒扣離心管在濾紙上或者放在通風(fēng)櫥內(nèi),,放置時間不宜過長,,時間過長會導(dǎo)致RNA不易溶解。

5,、最后,,在異丙醇沉淀RNA這一步驟中,如果看不見沉淀或者看不清沉淀,,一種方法是我們可以使用手機手電筒或者mini小手電照射離心管管壁,,可能會有微小的白色附著物,或者如第3點中所說的記住離心管的擺放位置,,大小移液槍更換小心吸棄異丙醇,。之后按步驟來可能仍會提出RNA。

6,、另外,,TRIZOL法提取RNA可將細(xì)胞收集至離心管中即步驟(1)完成后,可將含細(xì)胞的RNA裂解液于-80冰箱保存保存月余,。

7,、通常為了節(jié)約試劑,減少用量,,0.5ml的TRIZOL足夠RNA的提取,。


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