非特異性擴增,,即進行 PCR 所擴增出來的條帶不是所要的,,引物與模板在非目的條帶處有錯配,,導致延伸產(chǎn)物不是目的條帶,。例如引物二聚體,,即引物在退火過程中產(chǎn)生了 hairpin 結構或其他二級結構,,或者引物在模板的某些位置非特異性地結合,也同樣會產(chǎn)生非特異性擴增,。PCR 產(chǎn)物都是通過引物延伸產(chǎn)生的,。當引物產(chǎn)生了二聚體或者非特異性擴增產(chǎn)物之后,引物本身就無法再延伸形成 PCR 產(chǎn)物了,,這樣的情況下,,非特異性擴增產(chǎn)物越是多,那目的產(chǎn)物就越是少,。如果在 qPCR 過程中,,就會在熔解曲線中形成雙峰。
消滅 PCR 非特異性擴增的方法:
1,、引物設計的過程中要用 Primer premier 5.0 來驗證一下二聚體,;
2,、 引物合成后,先做一次梯度 PCR,,檢測最合適的退火溫度,,一般高退火溫度可以提高引 物對模板的特異性從而降低引物二聚體;
3,、 降低 Mg2+濃度,,鎂離子濃度高,會導致大量的非特異性擴增,,但是沒有鎂離子的話,,也會導致 Taq 酶的失活;
4,、降低 dNTP 濃度,,dNTP 也是非特異性擴增的一個罪魁禍首,降低它的濃度,,也能有效降低二聚體及其他非特異性擴增,;
5、降低引物濃度,,一般的 PCR 引物都是過量的,,降低了引物濃度自然也能降低引物之間形成二級結構的可能性;
6,、提高退火溫度,,這個道理很簡單,引物的退火溫度提高,,引物間的二級結構形成可能性就會降低,;
7、延長退火時間,,這個也可以減弱引物間結合的可能性,;
8、DMSO 及甜菜堿,,這些 PCR 促進劑,,主要是用于 CG 含量高的模板上,降低 DNA 的二級結構的產(chǎn)生,,但根據(jù)經(jīng)驗,,加入 DMSO 之后需要同時提高一點退火溫度來補平(qPCR 不太適用);
9,、熱啟動法,,通過 95℃的高溫熱啟動,高溫解鏈,,使得引物間的二級結構破壞,,以此降低二聚體產(chǎn)生,。
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