siRNA轉(zhuǎn)染和干擾效果不佳的問題,。
要保證RNA干擾的效果就必須保證siRNA能夠成功的轉(zhuǎn)染到細(xì)胞中去,，那有時候會轉(zhuǎn)染不進(jìn)去,，原因可能有如下幾點：1,、轉(zhuǎn)染方法：轉(zhuǎn)染siRNA濃度太低。FAM驗證轉(zhuǎn)染效率時siRNA(FAM)的量的終濃度是50-150nM都可以,，需要根據(jù)細(xì)胞進(jìn)行摸索,。lipo2000的量和使用的siRNA量成比例的，一般用1:1的效果好一些,。建議用24孔板摸索條件,。siRNA所加的量及其濃度可以根據(jù)實驗自己調(diào)整，按照要求配成20uM的濃度,，那1ul就是20pmol,在1ml細(xì)胞培養(yǎng)液中加1ul,那終濃度就是20nM,加2ul就是40nM,，以此類推。24孔板摸濃度后,，用6孔板時把轉(zhuǎn)染體系相應(yīng)放大即可,。實驗中需要注意細(xì)胞狀態(tài)要好，代數(shù)不要太大,，細(xì)胞密度適中,，50%左右（根據(jù)的細(xì)胞生長情況調(diào)節(jié)），鋪板時要鋪均勻,，添加轉(zhuǎn)染復(fù)合物時要小心滴加,。轉(zhuǎn)染時建議不要使用雙抗和血清，雙抗轉(zhuǎn)染時對細(xì)胞有毒性,，會導(dǎo)致細(xì)胞狀態(tài)不好,，血清會降低轉(zhuǎn)染效率。2,、轉(zhuǎn)染試劑：轉(zhuǎn)染實驗前應(yīng)根據(jù)實驗要求和細(xì)胞特性選擇適合的轉(zhuǎn)染試劑,。每種轉(zhuǎn)染試劑都會提供一些已經(jīng)成功轉(zhuǎn)染的細(xì)胞株列表和文獻(xiàn)，通過這些資料可選擇較為適合實驗設(shè)計的轉(zhuǎn)染試劑,?？赡芗?xì)胞對lipo2000不是太敏感,，建議更換其他的轉(zhuǎn)染試劑，例如ZETA LIFE Advanced系列轉(zhuǎn)染試劑,，采用第三代多肽小分子材料,，轉(zhuǎn)染的效率非常高，尤其轉(zhuǎn)siRNA效果非常好,。a、轉(zhuǎn)染效率跟細(xì)胞狀態(tài),、細(xì)胞代數(shù),、細(xì)胞密度等有關(guān)，一般低的細(xì)胞代數(shù)（<50）能確?；蛐筒蛔?。最這適合轉(zhuǎn)染的細(xì)胞是經(jīng)過幾次傳代后達(dá)到指數(shù)生長期的細(xì)胞，細(xì)胞生長旺盛,，最容易轉(zhuǎn)染。細(xì)胞培養(yǎng)在實驗室中保存數(shù)月和數(shù)年后會經(jīng)歷突變,，總?cè)旧w重組或基因調(diào)控變化等而演化,。這會導(dǎo)致和轉(zhuǎn)染相關(guān)的細(xì)胞行為的變化。也就是說同一種系的細(xì)胞株,，在各實驗室不同培養(yǎng)條件下,，其生物學(xué)性狀發(fā)生不同程度的改變，導(dǎo)致其轉(zhuǎn)染特性也發(fā)生變化,。因此,，如果發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)染效率降低，可以試著轉(zhuǎn)染新鮮培養(yǎng)的細(xì)胞以恢復(fù)最佳結(jié)果,。b,、有的細(xì)胞不太好轉(zhuǎn)染，比如懸浮,、干細(xì)胞,、原代細(xì)胞等，可查找相關(guān)文獻(xiàn),，看別人做這種細(xì)胞時用的什么方式,。如果細(xì)胞不好轉(zhuǎn)，就要考慮換一種方式進(jìn)行您的實驗了,，比如說用病毒,、電轉(zhuǎn)等。
下圖是轉(zhuǎn)染FAM標(biāo)記的siRNA后的前列腺癌細(xì)胞所拍的圖片,，轉(zhuǎn)染進(jìn)去的整個細(xì)胞是綠色的,，可以清晰的看到細(xì)胞形態(tài),，沒有轉(zhuǎn)染進(jìn)去的就是綠色的小點兒。
如果通過上邊的問題驗證到siRNA的確是可以轉(zhuǎn)染進(jìn)細(xì)胞,，但干擾效果又不理想的話那么可能的原因如下：
1,、轉(zhuǎn)染效率問題。如果少量siRNA進(jìn)入細(xì)胞,，作用于基因后,，有時候細(xì)胞會有補(bǔ)償機(jī)制，表達(dá)量反而升高,。建議在實驗前,，先檢測一下轉(zhuǎn)染效率，觀察一下,，轉(zhuǎn)染進(jìn)去的整個細(xì)胞是綠的,，沒有轉(zhuǎn)染進(jìn)去的是一些綠色的小點粘附在細(xì)胞上，發(fā)的光是點狀的,。建議多做幾個轉(zhuǎn)染梯度,，找到最佳轉(zhuǎn)染條件。2,、檢測時間點,。建議轉(zhuǎn)染后24-48小時檢測RNA水平變化，48-72小時檢測蛋白水平變化,。不同基因的半衰期是不同的,，siRNA干擾是拋物線形的，多做幾個時間點有利于siRNA干擾效果的測定,。3,、推薦RT-PCR的引物應(yīng)該設(shè)計在target位置的兩側(cè)，而不是同側(cè),。目前已經(jīng)知道的siRNA介導(dǎo)的基因knockdown機(jī)制是RSIC先介導(dǎo)靶mRNA的切割,，切割導(dǎo)致靶mRNA的降解，由于切割和降解可能具有不同的時間點,，因此,，設(shè)計于同側(cè)的PCR引物可能導(dǎo)致假陰性結(jié)果或knockdown效率的低估。4,、RNA降解,。建議-20保存，溶解后要最小量分裝,，-20或者-80保存,，3個月內(nèi)用完，避免反復(fù)凍融或者4度保存,。干粉保存最長最好不要超過6個月,。
5,、基因問題。有的基因受細(xì)胞轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,，mRNA能敲除,，但是蛋白水平敲除不下來的，如果這樣,，建議換一種細(xì)胞看看,。
6、干擾靶點不合適,。需重新設(shè)計siRNA,。
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