質(zhì)粒DNA的提取是DNA技術(shù)中的必需實驗技能。分離質(zhì)粒DNA一般分為三個步驟：

1,、培養(yǎng)細菌使質(zhì)粒擴增

2、收集和裂解細菌

3、分離和純化質(zhì)粒

DNA堿裂解法是較常用的提取的方法,，在質(zhì)粒提取過程中，由于機械力,、酸堿度,、試劑等的原因，可能使質(zhì)粒DNA鏈發(fā)生斷裂。所以,，多數(shù)質(zhì)粒粗提取物中含有三種構(gòu)型的質(zhì)粒：共價閉合環(huán)狀DNA(cccDNA)：質(zhì)粒的兩條鏈沒有斷裂;超螺旋開環(huán)DNA(ocDNA)

而在DNA提取中總會遇到各種一些問題,，導致實驗無從下手，下面我們來分析一些常見的問題：

一,、為什么用無水乙醇沉淀DNA?

乙醇的優(yōu)點是可以任意比和水相混溶,，乙醇與核酸不會起任何化學反應，當加入乙醇時,，乙醇會奪DNA周圍的水分子,，使DNA失水而易于聚合。一般實驗的做法是：初次沉淀DNA時可用95%乙醇代替無水乙醇,，最后的沉淀步驟要使用無水乙醇,。也可以用0.6倍體積的異丙醇選擇性沉淀DNA。一般在室溫下放置15-30分鐘即可,。

二,、在用無水乙醇沉淀DNA時，為什么一定要加NaAC或NaCL至最終濃度達0.1-0.25MOL/L?

在Ph為8左右的DNA溶液中,，DNA分子是帶負電荷的,，加一定濃度的NaAC或NaCL，使Na+中和DNA分子上的負電荷,，減少DNA分子之間的同性電荷相斥力,，易于互相聚合而形成DNA鈉鹽沉淀，當加入的鹽溶液濃度太低時,，DNA沉淀不*,，反之DNA難以收集。在沉淀的DNA過程中,，由于過多的鹽雜質(zhì)存在,，影響DNA的酶切等反應，必須要進行洗滌或重沉淀,。

三,、為什么在保存或抽提DNA過程中，一般采用TE緩沖液?

在基因操作實驗中,，選擇緩沖液的主要原則是考慮DNA的穩(wěn)定性及緩沖液成分不產(chǎn)生干擾作用,，所以采用Tris-HCL(pKa=8.0)的緩沖系統(tǒng)，由于緩沖液是TrisH /Tris,，不存在金屬離子的干擾作用,，故在提取或保存DNA時，TE緩沖液中的EDTA更能穩(wěn)定DNA的活性,。加核糖核酸酶降解核糖核酸后,，要用SDS與Kac來處理一次,，可以讓沉淀更加*。

四,、如何選擇聚乙二醇(6000)的濃度來沉淀DNA?

采用PEG(6000)沉淀DNA,，大小不同的DNA分子所用的PEG的濃度也不同，PEG的濃度低,，選擇性沉淀DNA分子量大,，大分子所需PEG的濃度只需1%左右，而小分子所需PEG濃度在20%左右

五,、為什么用酚與氯仿抽提DNA時,，還要加少量的異戌醇？

在抽提DNA時,，為了混合均勻,，必須劇烈振蕩容光煥發(fā)器數(shù)次，加入異戌醇能降低分子表面張力,，減少在振蕩時氣泡的產(chǎn)生,；配比一般是氯仿與異戌醇為24：1，也可以采用酚,，抽提DNA去除蛋白質(zhì)時,，由于酚與氯仿是互溶的，可用氯仿第二次變性蛋白質(zhì),，此時一起將酚帶走,。也可以在第二次抽提時，將酚與氯仿混合(1：1)使用

六,、為什么要用pH8的Tris水溶液飽和酚?

因為酚與水有一定的互溶。苯酚用水飽和的目的是使其抽提DNA過程中,，不致吸收樣品中含有DNA的水分,，減少DNA的損失。用Tris調(diào)節(jié)至PH為8是因為DNA在此條件下比較穩(wěn)定,。

七,、呈粉紅色的酚可以使用嗎?

保存在冰箱中的酚，容易和空氣中的氧氣發(fā)生化學反應而變成粉紅色的,，這樣的酚容易降解DNA,，一般不可以使用

八、怎么保存酚不被空氣氧化,？

加入巰基乙醇和8-羥基喹啉至終濃度為0.1%,。8-羥基喹啉是帶有淡黃色的固體粉末，不僅能抗氧化,，并在一定程度上能抑制Dnase的活性,。用Tris PH8.0水溶液飽和后的酚，最好分裝在棕色小試劑瓶里，上面蓋一層Tris水溶液或TE緩沖液,，隔絕空氣,，也可以往瓶里充入氮氣，防止與空氣接觸而被氧化,。然后保存在4℃或-20℃冰箱中,，可以保存幾個月不會變色。