當(dāng)我們將未知菌株送到公司測(cè)序時(shí)，并不意味著公司會(huì)直接告訴我們未知菌株是什么種什么屬的,，他們只會(huì)給你未知菌株的測(cè)序序列，這時(shí)候就需要我們自己在 NCBI 上進(jìn)行同源性比對(duì)。

下面結(jié)合實(shí)驗(yàn)經(jīng)歷跟大家交流一下。 首先,，我們先來(lái)弄清楚幾個(gè)概念：

Query：數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列

alignments： 比對(duì)上的兩個(gè)序列

hits：兩個(gè)序列比對(duì)上的片段

Score：比對(duì)得分,，如果序列匹配上得分,，不一樣，減分,，分值越高,，兩個(gè)序列相似性越高

E Value：相對(duì)的一個(gè)統(tǒng)計(jì)值，值越小,，越可信

Length：輸入序列的長(zhǎng)度

Identities：一致性,，就是兩個(gè)序列有多少是一樣的

Accession：登錄號(hào)

NCBI 網(wǎng)站：blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

操作步驟

1、打開(kāi)上述網(wǎng)站,，出現(xiàn)圖 1 頁(yè)面,，

圖1

點(diǎn)擊，進(jìn)入圖 2 頁(yè)面,，

圖2

2,、在圖 2 界面的

輸入序列， 這里以JF439461//CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT CATTACCGAGTGCGGGTCCTTTGGGCCCAACCTCCCATCCGTGTCTATTGTACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCC GCCGCTTGTCGGCCGCCGGGGGGGCGCCTCTGCCCCCCGGGCCCGTGCCCGCCGGAGACCCCAACACGA ACACTGTCTGAAAGCGTGCAGTCTGAGTTGATTGAATGCAATCAGTTAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTG GTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAACTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGA GTCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTGCTGCCCTCAA GCCCGGCTTGTGTGTTGGGTCGCCGTCCCCCTCTCCGGGGGGACGGGCCCGAAAGGCAGCGGCGGCACC GCGTCCGATCCTCGAGCGTATGGGGCTTTGTCACATGCTCTGTAGGATTGGCCGGCGCCTGCCGACGTTTTC CAACCATTCTTTCCAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGA GGA為例,。

選中頁(yè)面下的

然后點(diǎn)擊 BLAST,。出現(xiàn)圖 3 和圖 4 的頁(yè)面（圖 3 和 4 是同一頁(yè)面的上下兩部分）。

圖3

圖4

3,、在圖 3 頁(yè)面上

表示你可以調(diào)整參數(shù),，重新比對(duì)或者保存搜索條件以便下次比對(duì)，調(diào)整報(bào)告顯示的參數(shù),，以更符合你的要求,、下載你比對(duì)的結(jié)果。

表示比對(duì)的標(biāo)題,，優(yōu)先是 你填寫(xiě)的,，如果沒(méi)有填寫(xiě)可能是你輸入 fasta 序列頭（大于號(hào)后面的），如果這個(gè)也沒(méi)有找到,， NCBI 會(huì)自動(dòng)生成一個(gè),。

表示你輸入序列的信息,，包括標(biāo)識(shí)號(hào)、描述信息,、類(lèi)型,、長(zhǎng)度。

表示你可以查看其他報(bào)告,，比如摘要,、分類(lèi)、距離樹(shù)等,。

4,、在圖 4 的頁(yè)面上 Ident 越高，表明序列的同源性也就越高,。通過(guò)同源性較高的描述你可以初步判斷未知菌株的類(lèi)別,。點(diǎn)擊同源性較高的，比如我們點(diǎn)開(kāi)第一個(gè),，出現(xiàn)圖 5 的頁(yè)面,，將滾動(dòng)條向下拉至圖 6，得到比對(duì)同源性高的序列,，將其登錄號(hào)以及序列保存在文本文檔中,， 通過(guò)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)我們能具體判別未知菌株屬于哪種菌株。

圖5

圖6