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當(dāng)前位置:深圳市安培生物科技有限公司>>技術(shù)文章>>【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息
說起 Pubmed 我們大家都不陌生,當(dāng)然,,找文獻(xiàn)可都靠它呢,。不過,這個美國國立醫(yī)學(xué)圖書館的搜索引擎可不止能干這個,。它只是NCBI Entrez整個數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)中的一個,。PubMed 界面提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的鏈接,其他的內(nèi)容還包括:DNA 與蛋白質(zhì)序列,,基因圖數(shù)據(jù),,3D 蛋白構(gòu)象,,人類孟德爾遺傳在線等。這次我們要講的就是怎么用里面的 NCBI 來查找所需要的基因信息,。
如何尋找基因信息
首先,,打開 NCBI 網(wǎng)頁ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,選擇[gene],,輸入您要的基因名稱(可簡寫),,如 CCR9,搜索,。
然后,,選擇種屬,,如 homosapiens,點擊進(jìn)入所需基因,,下拉網(wǎng)頁,,在"NCBI Reference sequence (Refseq)"下方
NG_029472.1就是該基因的 genomic DNA 序列號,,NM_001256369.1 就是異構(gòu)體B的 mRNA 序列號,而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相應(yīng)的氨基酸序列號,。同理,, NM_031200.2 → NP_112477.1 分別是異構(gòu)體A的mRNA和氨基酸序列號。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 號染色體短臂(p)2 帶 1 區(qū) 3 亞區(qū),。
點擊進(jìn)入相應(yīng)頁面就會出現(xiàn)詳細(xì)的外顯子,、編碼序列等信息,。
想要知道詳細(xì)信息的話,可以點擊 GenBank
如果你只想獲得序列(例如去設(shè)計 PCR 引物的時候),,那就可以選擇 FASTA,這樣就得到了 FASTA 格式的序列文件,,沒有其他數(shù)字和格式的干擾,。
如何選擇目前*的 mRNA 序號
在這推薦一個網(wǎng)站:harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/
輸入您查找的基因,,如 CCR9,,"Go"提交,便會出現(xiàn) CCR9 的相應(yīng)界面,,點進(jìn)去就能顯示公 認(rèn)的序列號和 DNA 序列,。
這樣參照的序列號對了,設(shè)計引物,、基因突變的命名及表述才是對的,,發(fā)文章時才不會錯。 (基因突變命名也是一個系統(tǒng),,可以到 NCBI 上下載相關(guān)文獻(xiàn)),。另外,這一網(wǎng)站 DNA 序列 中也提供了目前文獻(xiàn)報道的已知的突變位點和 SNP 位點,。非常好用,。
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