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Pubmed 也是科研人員常用工具之一,其實 NCBI 的功能不僅僅局限在查文獻上,,其他功能由于用的少,只給大家介紹下基因序列的查找,包括全基因組,、CCDS、剪接體等等,。
① 打開 NCBI 主頁在下拉框里選擇 Gene 選項,,輸入基因名稱(p53)
② 搜索結果會有種屬的區(qū)別,要看清你要的種屬(homo)
③ 結果頁的右側(cè)是它包含的內(nèi)容,,可以直接選擇你要的項,,調(diào)到那個位置
④ Genomic regeions,transcripts,,and products 這個選項中,,是以圖的形式顯示基因序列, 在 tool 中選擇 sequence text view,,可以彈出堿基序列
⑤ 在堿基序列中,,紅色區(qū)域是外顯子,綠色是內(nèi)含子及基因間序列,鼠標在某個區(qū)域停留,,就會顯示該區(qū)的信息,。紅色框內(nèi)可以自己試試功能,None 可以不顯示蛋白序列,,方便拷出序列,。Flip strand、go to position 你們都懂得,。
⑥ 你如果覺得自己去把外顯子拼起來得到CDNA序列的話,,那你就out了,在NCBI Reference Sequences (RefSeq)這個選中,,有 NG,、NM、NP 這些你熟悉或者不熟悉的縮寫,,mRNA and protein(s)這里面,,有剪接體的簡介、剪接體之間的不同,,有幾個就會報道幾個,,很全。然后,,重點是有個CCDS 這個鏈接,,點進去
⑦ 把網(wǎng)頁往下翻,你就會看到 CCDS Sequence Data,,不同的外顯子用不同的顏色區(qū)別,,點擊堿基會用高亮顏色與下面的蛋白序列對應顯示。如果需要設計過表達,、QPCR 引物,,預測蛋白大小,這些就足夠了,。
至于其他的選項的功能,,小伙伴們自己去發(fā)掘吧,我也跟著學習,。
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