稀有物種保護：

通過水體中的環(huán)境DNA可以有效檢測水生脊椎動物,，并且已在濕地和大型河流研究中得到證實^[26],。利用環(huán)境DNA檢測河流中的稀有物種和隱秘物種可以增加調(diào)查結(jié)果準(zhǔn)確性，減少調(diào)查成本,。Goldberg等^[8]利用metabarcoding技術(shù),，通過收集快速流動的水體環(huán)境DNA樣本,，對尾突角蟾(Ascaphus montanus)和愛達荷陸巨螈(Dicamptodon aterrimus)兩種物種進行監(jiān)測。設(shè)計特異性引物尾突角蟾和愛達荷陸巨螈的線粒體Cyt b區(qū)域的85bp和78bp片段,，在5個不同物種密度的水樣中均成功進行了PCR擴增并靈敏地檢測到了目標(biāo)物種的存在,。該研究還發(fā)現(xiàn)早春季節(jié)比早秋季節(jié)更難以檢測到兩棲類物種存在，推測可能是由于早春比早秋溫度更低,，降低了生物代謝速率而導(dǎo)致,。Foote等^[28]從海水中分離DNA，使用特異性引物擴增線粒體DNA區(qū)域60—80bp的片段檢測水體中是否存在港灣鼠海豚(Phocoena phocoena),，對控制條件下和自然條件下該物種進行遺傳監(jiān)測,。在一個樣地中檢測到長肢領(lǐng)航鯨(Globicephala melas)，而該物種極少在研究海域被發(fā)現(xiàn),，結(jié)果表明環(huán)境DNA的方法可用于檢測稀有物種,。Wilcox等^[27]利用環(huán)境DNA結(jié)合定量PCR檢測了河流中的兩個稀有物種，美洲紅點鮭(Salvelinus fontinalis)和強壯紅點鮭(S.confluentus),，同時發(fā)現(xiàn)定量PCR(qPCR)比傳統(tǒng)PCR更加靈敏,，檢測概率更高。Rees等^[25]利用環(huán)境DNA和傳統(tǒng)的實地調(diào)查方法開展對英國保護物種冠北螈(Triturus cristatus)的監(jiān)測,，野外調(diào)查發(fā)現(xiàn)有冠北螈分布的地點中,，采集的水樣DNA中成功檢測出冠北螈的概率為84%。使用環(huán)境DNA方法監(jiān)測物種,，對物種及其生存環(huán)境不會造成損害,。隨著測序成本的下降，環(huán)境DNA與metabarcoding技術(shù)結(jié)合應(yīng)用在許多情況下甚至優(yōu)于一些傳統(tǒng)監(jiān)測方法,，成為物種監(jiān)測方法的又一選擇^[4],。

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