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當(dāng)前位置:南京求新儀器設(shè)備有限公司>>技術(shù)文章>>病毒研究用水系列四:測序儀用水對結(jié)果的影響
基因測序技術(shù)是一種基因檢測技術(shù),,也被稱為DNA測序技術(shù),,是進行分子生物學(xué)研究和基因改造的基礎(chǔ),,也是解鎖人類生命奧秘的重要方式之一,。基因測序技術(shù)發(fā)展了40余年,,已在眾多領(lǐng)域被廣泛應(yīng)用,,包括生物的基因組圖譜繪制、物種進化演替過程,、表觀遺傳學(xué),、疾病相關(guān)基因的確定和診斷等等。近年來,,基因測序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)由實驗室研究演變到臨床使用,,為我們理解人類生物學(xué)特征和疾病,評估遺傳疾病提供了關(guān)鍵性信息,,所以說基因測序技術(shù)是下一個改變世界的技術(shù)毫不為過,。
在疫情期間,這項技術(shù)得到了更多人的關(guān)注,。疫情爆發(fā)初期,,在不到一個月的時間內(nèi),通過基因測序技術(shù),,病毒的基因組序列被公布,,為分析病毒的進化來源、致病機制提供了資料,。不少國家也發(fā)起了患者基因測序計劃,,以了解個人基因?qū)Σ《靖腥痉磻?yīng)的影響,這項研究的數(shù)據(jù)將為患者護理及藥物處方提供信息,,未來還可以幫助疫苗設(shè)計,從而拯救更多生命,。
整個測序環(huán)節(jié)中,,從樣品收集到上機測序,水貫穿了包括測序儀的日常清洗維護和試劑配制在內(nèi)的每一個環(huán)節(jié),。作為一個*的基礎(chǔ)試劑,,水的品質(zhì)對終測序結(jié)果會產(chǎn)生顯著影響。水中的雜質(zhì),,如無機鹽,、有機物、核酸酶,、顆粒物等,,不僅會污染設(shè)備,,縮短測序儀毛細管的使用壽命,而且還會降低DNA聚合酶的活性,,終干擾測序結(jié)果的準(zhǔn)確性,。
下面這些基因測序經(jīng)常遇到的問題很有可能是使用的水有問題,快來看看你有沒有中招…
Q1:DNA測序樣品用什么溶劑溶解比較好,?
溶解DNA測序樣品,,使用超純水溶解為宜。
原因: DNA的測序反應(yīng)的原理其實就是Taq酶的聚合反應(yīng),,需要一個合適的酶反應(yīng)條件,。如果溶解DNA樣品的溶液含有過多的鹽,會影響測序反應(yīng)體系,,造成Taq酶的聚合性能下降,,干擾測序反應(yīng)甚至無法產(chǎn)生信號。
純水應(yīng)用Tips: 超純水機采用基因測序超純化柱,,RephiLe配方填料的低鎂型純化柱,,可以特異性去除水中的鎂離子,降低空白本底對測序反應(yīng)體系的影響,。
Q2:測序結(jié)果怎么沒有峰圖呢,?
原因:模板被降解,罪魁禍?zhǔn)卓赡苁菧y序使用的水中含有核酸酶,。
純水應(yīng)用Tips: 制備超純水的超純水機需要帶有終端濾器,,如樂楓生物的RephiBio終端濾器,可以去除DNA酶和RNA酶,。
Q3:為什么測序峰圖出現(xiàn)了“瀑布效應(yīng)”,?
“瀑布效應(yīng)”是基線突然從高處下降的現(xiàn)象。
原因:樣品被有機物污染,,有機物會被激發(fā)產(chǎn)生熒光,,抬高基線。
純水應(yīng)用Tips: 使用帶有TOC檢測系統(tǒng)的超純水機,如樂楓Genie系列智能超純水系統(tǒng),,有機物含量低于5 ppb,,采用全氧化法設(shè)計的TOC在線監(jiān)測系統(tǒng),在線監(jiān)測TOC含量,,符合ISPE制藥工程指南 / 美國藥典USP等標(biāo)準(zhǔn)對于TOC檢測的要求,。
Q4:“釘子峰”如何避免?
“釘子峰”是A,、T,、C、G四個顏色的峰都被突然拔起,形成的尖銳峰形,。
原因: 溶液中可能存在氣泡或者顆粒,,氣泡和顆粒對激光全反射,形成“釘子峰”,。
純水應(yīng)用Tips: 純水機取水口配備0.22μm的終端濾器,,測序之前使用超聲波對超純水進行脫氣可以有效地防止“釘子峰”。
樂楓生物Genie系列智能純水系統(tǒng)以穩(wěn)定的水質(zhì),、智能的操作系統(tǒng)充分滿足基因測序用水需求,,在諸多應(yīng)用到測序儀的實驗室常常會看到樂楓生物Genie系列智能超純水系統(tǒng)的身影。華大基因海外“火眼實驗室”采用的超純水機是Genie 系列的超純水系統(tǒng),。
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