1．甲基化特異性的PCR（Methylation-specific PCR,，MSP）

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉化為nmd,，而甲基化的胞嘧啶不變,；隨后設計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。通過電泳檢測MSP擴增產物,，如果用針對處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴增片段,，則說明該位點存在甲基化；反之,，說明被檢測的位點不存在甲基化,。

2．亞硫酸氫鹽測序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,，則未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉化為nmd,，而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設計BSP引物進行PCR,，在擴增過程中nmd全部轉化為胸腺嘧啶,，最后對PCR產物進行測序就可以判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化稱為BSP-直接測序方法。將PCR產物克隆至載體后進行測序,，可以提高測序成功率,，這種方法稱為BSP-克隆測序法。