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革命性靶向RNA-seq技術(shù)助力高效融合基因檢測

時間:2023/8/1閱讀:893
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隨著癌癥研究的不斷深入,,融合基因被認為是癌癥發(fā)生的主要原因之一,。而快速準確地對融合基因進行檢測,,則能夠指導醫(yī)學研究方案選擇,。然而,目前存在的分子檢測方法在分辨率和通量方面受到一定的限制,。靶向RNA-seq技術(shù),,通過使用生物素化寡核苷酸探針來富集目標RNA轉(zhuǎn)錄本,能夠克服這些限制,,實現(xiàn)對融合基因的敏感檢測,。

 

傳統(tǒng)的融合基因檢測方法主要包括Fluorescence in situ hybridizationFISH)和實時定量聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR),。然而,這些方法只能檢測單個融合基因,,無法識別新的融合基因伴侶或解析復雜的結(jié)構(gòu)重組,。而靶向RNA-seq技術(shù)可以克服這些限制,其敏感度高,,能夠檢測到罕見或較低表達的轉(zhuǎn)錄本,。

 

靶向RNA-seq的優(yōu)勢在于能夠在一個實驗中靶向捕獲數(shù)百個基因,大大提高了融合基因的檢測率,。通過對多個細胞系進行檢測分析,,該技術(shù)在檢測融合基因方面表現(xiàn)出更強的優(yōu)勢。例如,,在肺癌患者的腫瘤組織中,,靶向RNA-seq不僅確認了ROS1ALK的重組現(xiàn)象,還確定了其伴侶基因和融合連接位點,。這不僅提高了融合基因的檢測率,還與之前的檢測結(jié)果具有高度的一致性,。

 

另外,,靶向RNA-seq技術(shù)還應(yīng)用于其他疾病的融合基因檢測。在慢性髓性白血病者中,,靶向RNA-seq確定了與imatinib研究反應(yīng)相關(guān)的BCR-ABL1異構(gòu)體,。在前列腺癌者中,靶向RNA-seq識別到了多個TMPRSS2-ERG融合異構(gòu)體,,并發(fā)現(xiàn)這些融合異構(gòu)體具有多樣的轉(zhuǎn)錄起始位點,。此外,靶向RNA-seq還可以用于統(tǒng)計基因和外顯子的表達,,通過讀深變化來識別融合連接位點,,并發(fā)現(xiàn)融合基因的發(fā)生可能與基因表達相關(guān)。

 

為了滿足科研和醫(yī)學的需要,,蘇州阿爾法生物有限公司聯(lián)合海星生物提供了革命性的HyCyte®標準品細胞株定制服務(wù),。該服務(wù)基于成熟的基因編輯系統(tǒng),包括CRISPR/Cas9基因定點編輯技術(shù),、VIRUS-Free™ 基因穩(wěn)轉(zhuǎn)技術(shù)以及ClonePlus™細胞單克隆技術(shù),。通過這些核心技術(shù),我們可以快速高效地構(gòu)建多基因多細胞系的突變標準品細胞株,,解決多基因多細胞系混合突變頻率不確定的難題,。

 

我們的融合基因標準品細胞株定制服務(wù)具有多項優(yōu)勢,可以根據(jù)需求針對DNARNA或蛋白等不同層面的檢測應(yīng)用的細胞株定制,。服務(wù)周期為7-12周,,變異頻率可達到50-100%或高拷貝,。我們提供穩(wěn)定傳代的細胞株交付,同時也可提供背景細胞株(野生型細胞株),。交付形式包括細胞株,、gDNActDNA,、FFPE蠟塊,。在交付成果后,我們還提供PCR檢測,、Sanger測序驗證等驗證方法,,以確保標準品細胞株的質(zhì)量和可靠性。

 

蘇州阿爾法生物有限公司致力于為科研和制藥企業(yè)提供實驗室儀器,、實驗試劑,、實驗耗材等產(chǎn)品和服務(wù)。我們將繼續(xù)不斷創(chuàng)新,,為客戶提供更多高效,、便捷的解決方案,助力科研和醫(yī)學領(lǐng)域的發(fā)展,。

 

參考文獻:

 

1. Gallagher RI, et al. Targeted RNA sequencing with a 48 gene panel accurately identifies colorectal cancer patients with microsatellite instability or mismatch repair deficiency. Gastroenterology. 2020; 158: 1308-1320.

 

2. Singh RR, et al. Clinical validation of a next-generation sequencing screen for mutational hotspots in 46 cancer-related genes. J Mol Diagn. 2013; 15: 607-622.

 

3. Campbell PJ, et al. The patterns and dynamics of genomic instability in metastatic pancreatic cancer. Nature. 2010; 467: 1109-1113.

 

 

4. Dr?qescu CA, et al. Validation of a next-generation-sequencing cancer panel for use in the clinical laboratory. Arch Pathol Lab Med. 2015; 139: 508-517.


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