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　　藻類微生物的繁殖主要有三種方式，即營養(yǎng)繁殖（透過細(xì)胞分裂或斷裂）,、無性繁殖（透過釋出游動孢子或其他孢子）或有性繁殖,。其中有性繁殖這種方式采用較少，一般發(fā)生在艱難時期（生長季節(jié)結(jié)束時或處于不利的環(huán)境條件下）,。

　　營養(yǎng)體生殖方法很多,，有特殊的營養(yǎng)枝如黑頂藻的繁殖枝，掉地后則獨(dú)立生長為新的個體,；有依靠假根的繁殖方式,，如海扇藻；也有依靠盤狀幼體以度夏或度冬,。無性生殖主要依靠游孢子,，這些一般具有1-4根鞭毛，葉綠體和眼點(diǎn),，沒有細(xì)胞壁,，有自由游動的能力；缺少鞭毛因而沒有游動能力的孢子也不少,，如藍(lán)藻門的內(nèi)孢子,，紅藻門的四分孢子，綠藻門的厚壁孢子等,。

　　有性生殖依靠配子,，可以同配或異配。同配由形狀大小一樣的配子相互接近,，融合形成厚壁的合子,，而異配則由大小不同，甚至形狀不一樣的配子融合形成合子,。卵配是一種異配，其雌性細(xì)胞較大,，一般不能游動,，而其雄性細(xì)胞較小，有兩根鞭毛,，能自由游動,。紅藻的卵配尤其特殊，卵囊稱果胞,，為一瓶狀構(gòu)造,，卵在瓶底,，瓶頸即受精絲，而精子在精子囊內(nèi),，不能游動,，隨水漂流，遇于受精絲則粘著上,，精子破囊而出,，順著受精絲進(jìn)入果胞與卵子結(jié)合成為合子，后者立即發(fā)育成為一個雙倍體的果孢子體,，寄生在雌性個體上,。果孢子體成熟產(chǎn)生果孢子，發(fā)育則成為獨(dú)立的孢子體,。