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當(dāng)前位置:世聯(lián)博研(北京)科技有限公司>>技術(shù)文章>>亞細胞空間原位分析科研實驗技術(shù)服務(wù)介紹
引自10x Genomics的亞細胞空間原位表達分析技術(shù)(Xenium),,通過已有/定制探針panel與靶點,,在新鮮冷凍(FF)組織或福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織切片上快速檢測大量靶點的組織原位轉(zhuǎn)錄本表達水平,,實現(xiàn)亞細胞分辨率對基因進行靶向空間原位分析,,揭示細胞結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系,。
一,、技術(shù)流程及原理
首先在Xenium載玻片上制備FF或FFPE組織切片(每塊載玻片上的可成像區(qū)域為12mm x24mm),。然后對切片進行處理,RNA能更好的與可環(huán)化的DNA探針進行雜交,。雜交探針連接后產(chǎn)生可酶促擴增的環(huán)狀DNA探針,。之后將載玻片放入Xenium分析儀中,樣本在其中經(jīng)過連續(xù)幾輪的熒光探針雜交,、成像和去除,,產(chǎn)生明亮、易于成像且高信噪比的信號,。接著生成每個基因特異性的熒光特征條碼,,實現(xiàn)目標(biāo)基因的定位和識別。最后構(gòu)建出整張組織切片上亞細胞水平的空間原位圖譜,。
二,、技術(shù)特點與優(yōu)勢
1、亞細胞分辨率
原位顯微成像的檢測方法,,保留RNA分子的原位特征,,亞細胞分辨率水平還原組織中細胞最真實的大小和邊界區(qū)分,實現(xiàn)“真"細胞-細胞通訊,、受體-配體互作的可視化研究,。
2、兼容多樣本類型
兼容新鮮冷凍組織(FF)和福爾馬林固定石蠟包埋組織(FFPE)樣品,滿足臨床及科研樣本的檢測分析需求,。
3,、高靈敏性和特異性
平均每個基因設(shè)計8對探針,根據(jù)表達量高低調(diào)整探針數(shù)量,;du特的配對捕獲探針設(shè)計,,增強了檢測的靈敏性和特異性。
4,、panel組合靈活定制
panel基礎(chǔ)上,,可靈活定制多至100個靶標(biāo)基因,更兼容全定制服務(wù),,增強了臨床和科學(xué)研究的創(chuàng)新性,,同時可根據(jù)普通轉(zhuǎn)錄組RNA-seq以及單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)scRNA-seq實驗中已獲取的數(shù)據(jù),定制高達300個靶點的個性化研究策略,,助力轉(zhuǎn)化研究和空間水平挖掘,。
5、全景“無gap"掃描及玻片再利用
成像區(qū)域(12 x 24 mm)內(nèi)開展超高重靶點的組織全景無gap掃描,,Xenium實驗后仍可繼續(xù)利用同一玻片做其他實驗,,可高效充分地利用珍貴的臨床樣本。
6,、強大的數(shù)據(jù)綜合分析及深度挖掘能力
wan全標(biāo)準(zhǔn)化的集成生物信息學(xué)分析流程,,經(jīng)驗豐富的多組學(xué)數(shù)據(jù)分析團隊,能夠?qū)ι飳W(xué)數(shù)據(jù)及臨床數(shù)據(jù)進行綜合分析及深度挖掘,,使得數(shù)據(jù)挖掘更加便捷化,、個性化。
三,、技術(shù)服務(wù)內(nèi)容
目前guan方已經(jīng)推出panel包括:人乳腺 280 個基因,、人腦 266 個基因、人肺 289 個基因,、人皮膚282個基因,、人結(jié)腸322個基因、人腫瘤免疫380個基因,、人類多種組織癌癥組織377個基因,、小鼠腦 247 個基因和小鼠組織圖譜379個基因,以上panel均可增加 1~100 定制化基因,。應(yīng)用場景仍在不斷拓展,,未來會有更多組織類型的商品化 Panel,應(yīng)用于腫瘤,、發(fā)育等不同領(lǐng)域的探索,。
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