凍干機控制系統(tǒng)應具有凍干曲線設定,、除菌滅菌,、在線清洗、真空控制,，干燥狀態(tài)檢測,，故障報警器維修檢查等功能。一個研發(fā)凍干機或者生產(chǎn)型凍干機或者中試型凍干機的控制系統(tǒng)要能進行全自動的凍干控制,，包括預凍,、加熱、抽真空,、壓塞,、放氣、除菌滅菌等,。在觸摸屏上可以顯示溫度,，壓力，時間,，周期狀態(tài)等,，也可以顯示報警信息?？刂葡到y(tǒng)應可預先設置凍干曲線,，當進行全自動操作時，控制著系統(tǒng)需要將預先設置好的凍干曲線送入可編程控制器plc，只需要按下執(zhí)行即可自動執(zhí)行.凍干機軟件可記錄各種運行設備的累計運行時間,、歷史記錄,、隨機和定時數(shù)據(jù)報表曲線等.同時自動記錄多項故障和事件發(fā)生，多點記錄儀可顯示制品溫度,，干燥箱體真空泵的真空度等,，同時對冷阱的溫度進行報警監(jiān)視，對于中間任何階段可以隨時進行人工干預（有權(quán)限的）.
凍干過程中各階段要求對影響凍干質(zhì)量的各種物理參數(shù),，如干燥箱內(nèi)部的真空度,、制品溫度、板層溫度,、清洗,、滅菌、壓力,、設備運行時間等進行完整的記錄.,。凍干機控制系統(tǒng)著重強調(diào)凍干工藝的準確完成和電子記錄的完整性即可追溯性.主要包含1、密碼保護.2,、電子記錄可追溯性3,、電子記錄完整性。4電子記錄文件格式應是不可更改.
凍干控制系統(tǒng)顯示界面主要包含1.系統(tǒng)內(nèi)所有部件的運行狀況,；2.執(zhí)行操作信息及報警；3.記錄凍干周期的參數(shù),；4.處理和存儲操作數(shù)據(jù),；5.提供凍干過程報告；,。6排除可能發(fā)生的誤操作,；7防止未被授權(quán)的人員進入操作系統(tǒng)。
凍干機的操作系統(tǒng)的功能應得到zui大程度的利用,，可以自動化的減少人為操作,，為批量生產(chǎn)和放大生產(chǎn)打下基礎。但是凍干機應帶半自動操作,，也就是前期工藝摸索的過程是采用半自動操作的,，等工藝摸索出來可以采用全自動模式運行。
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