DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn),，使TFBS 的研究不再局限于物種，不再受抗體質(zhì)量的限制,，為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具,。我們可為您提供DNA親和純化測(cè)序（DAP-seq）技術(shù)服務(wù)和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析，具有100多個(gè)物種,，1000多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn),，歡迎咨詢(xún)。

DNA親和純化測(cè)序（DAP-seq）技術(shù)服務(wù)

在功能基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中,，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）的發(fā)掘一直是研究熱點(diǎn),。傳統(tǒng)的ChIP-seq（染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序）方法，在抗體質(zhì)量很好的情況下能夠有效檢測(cè)到TFBS,。然而,，好的抗體可遇不可求，這限制了ChIP-seq更廣泛的應(yīng)用,。DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn),，使TFBS 的研究不再局限于物種，不再受抗體質(zhì)量的限制,，為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具,。

DAP-seq與ChIP-seq技術(shù)對(duì)比：

技術(shù)名稱(chēng)	DAP-seq	ChIP-seq
實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｊ?/span>	體外	體內(nèi)
是否需要特異性抗體	否	是
是否適用于非模式物種	是	否
時(shí)間成本	低	高
是否高通量	是	否

服務(wù)項(xiàng)目	周期	交付結(jié)果	報(bào)價(jià)
蛋白表達(dá)載體構(gòu)建	1-2周	構(gòu)建載體的測(cè)序結(jié)果實(shí)驗(yàn)過(guò)程圖原始測(cè)序數(shù)據(jù) 分析結(jié)果	詳細(xì)報(bào)價(jià)請(qǐng)咨詢(xún)
蛋白無(wú)細(xì)胞表達(dá)	1-2周
DAP-seq文庫(kù)構(gòu)建	1周
DNA親和純化	1-2周
上機(jī)測(cè)序	2周
標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析	2周

生信分析

對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量 reads 的處理
數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)
參考序列比對(duì)分析
測(cè)序reads富集區(qū)域掃描（peak calling）
Peak在基因功能元件上的分布統(tǒng)計(jì)

Peak序列模式發(fā)掘（motif search）
已知motif注釋
Peak相關(guān)基因鑒定
Peak相關(guān)基因的GO和KEGG富集分析
測(cè)序數(shù)據(jù)的可視化分析

項(xiàng)目可行性分析

開(kāi)展項(xiàng)目之前,，我們會(huì)根據(jù)您具體的轉(zhuǎn)錄因子做可行性分析報(bào)告,，供您參考，從多個(gè)方面進(jìn)行可行性分析,，包括轉(zhuǎn)錄因子分子量,，亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)，跨膜區(qū)預(yù)測(cè),，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè),、翻譯后修飾預(yù)測(cè)，并且根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道和我們的經(jīng)驗(yàn)來(lái)進(jìn)行可行性分析,。

已做物種
植物
擬南芥	莖瘤芥	甘藍(lán)型油菜	白菜型油菜	不結(jié)球白菜	菜心	小麥	大麥	花生
辣椒	番茄	草莓	黃花棘豆	苦蕎	紅薯	木薯	馬鈴薯	普通煙草
人參	鴨茅	海島棉	甘蔗	短芒大麥草	二色補(bǔ)血草	煙草	百脈根	芍藥
丹參	狗尾草	菠菜	玉米	大豆	高粱	藜麥	陸地棉	甜瓜
黃瓜	葡萄	灰氈毛忍冬	粉葛	三葉青	獼猴桃	香蕉	蒺藜苜蓿	紫花苜蓿
伴礦景天	苔蘚	地錢(qián)	毛果楊	717楊	84K楊	小黑楊	胡楊	山新楊
小葉楊	歐美楊	大青楊	毛白楊	剛毛檉柳	白樺	光皮樺	油松	毛竹
麻竹	銀杏	油桐	荔枝	柑橘	甜橙	歐洲云杉	核桃	柿子
閩楠	木荷	臍橙	板栗	棗	枳	杜梨	蘋(píng)果	桃
櫻桃	麻瘋樹(shù)	茶樹(shù)	梅	月季
動(dòng)物
驢	飛蝗	新孢子蟲(chóng)
真菌
擬輪枝鐮孢菌	豬苓真菌	意大利青霉	草酸青霉	腐霉	金黃殼囊孢	靈芝	糙皮側(cè)耳	草菇
灰蓋鬼傘	蟲(chóng)草	亞洲鐮刀菌
細(xì)菌
路德維希腸桿菌	嗜熱厭氧桿菌	生氮假單胞菌	伯克赫爾德氏菌	布魯氏菌	肺炎克雷伯菌

我們可為您提供DNA親和純化測(cè)序（DAP-seq）技術(shù)服務(wù)和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析,，具有100多個(gè)物種，1000多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn),，歡迎咨詢(xún),。

參考文獻(xiàn)：

O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.

2016-Cell-DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape.pdf

Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.

2017-Nature Protocols-Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq.pdf

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