核酸熒光染料對細(xì)胞核進行染色，定量測定細(xì)胞的熒光強度,，從而可以測定細(xì)胞核中DNA和RNA的含量,，分析細(xì)胞周期和細(xì)胞增殖情況。有多種熒光染料可以對細(xì)胞中的 DNA 或 RNA 進行染色,。常用的DNA染料有碘化丙啶（PI）,、DAPI、Hoechst 33342等,，RNA染料有噻唑橙,、吖啶橙等。
熒光染料PI（碘化丙啶）是一種可以對DNA進行染色的核染色試劑,。它常用于細(xì)胞凋亡檢測,。英文全稱是Propidium Iodide。它是一種溴化乙錠類似物,，嵌入雙鏈 DNA 后會發(fā)出紅色熒光。雖然 PI 不能穿過活細(xì)胞膜,，但它可以穿過受損的細(xì)胞膜并對細(xì)胞核進行染色,。 PI 通常與 Calcein-AM 或 FDA 等熒光探針一起使用,，以同時對活細(xì)胞和死細(xì)胞進行染色。 PI-DNA復(fù)合物的激發(fā)波長和發(fā)射波長分別為535 nm和615 nm,。
溴化乙錠是一種高度敏感的嵌入熒光染料,，是一種強致癌誘變劑，但價格便宜,。它與 DNA 的結(jié)合幾乎沒有堿基序列特異性,。在高離子強度的飽和溶液中，每 2.5 個堿基插入大約 1 個溴化乙錠分子,。 EB 的這一特性使其成為常用于瓊脂糖凝膠電泳中核酸染色的核酸染料,。溴化乙錠在紫外區(qū)的302nm和366nm處有吸收峰。在紫外光照射下,，溴化乙錠可激發(fā)出橙紅色熒光（590nm）,。與 DNA 結(jié)合的溴化乙錠復(fù)合物發(fā)出的熒光比不結(jié)合 DNA 的染料強 20-30 倍，因此溴化乙錠可以檢測小至 10 ng 的 DNA 帶,，并且非常靈敏,。
Biotium公司研發(fā)推出的EB替代染料，具有與EB相似的染色效果,，且在紫外光照射下不易淬滅,，因此可用于膠水回收。但價格較貴,。
GelRed和GelGreen是兩種優(yōu)秀的熒光核酸凝膠染色試劑,，兼具高靈敏度、低毒性和超穩(wěn)定性,。其水溶性染料已通過美國EPA安全認(rèn)證,，廢物可直接倒入下水道，不會造成任何環(huán)境污染,。
其特點是：
1）靈敏度高：GelRed和GelGreen是市場上靈敏度最高的凝膠核酸染料之一,；
2）穩(wěn)定性佳：可微波爐加熱，可常溫保存,；
3）更安全：艾姆斯測試結(jié)果表明該染料的致突變性遠(yuǎn)小于溴化乙錠（EB）,；
4）適應(yīng)性廣：適用于預(yù)制膠和膠后電泳染色；
5）染色過程簡單：與EB一樣,，無需擔(dān)心預(yù)制膠和電泳過程中染料降解,；電泳后染色過程僅需30分鐘，無需脫色或水洗,；
6) 對DNA和RNA遷移影響?。簩怂徇w移影響比SYBR Green I?小,；
7）與標(biāo)準(zhǔn)凝膠成像系統(tǒng)和可見光激發(fā)的凝膠觀察裝置兼容：使用312nm激發(fā)的UV凝膠成像系統(tǒng)時,，GelRed可以替代EB,； GelGreen 足以替代凝膠觀察裝置中的任一 SYB 染料。然而,，這種染料會使小 DNA 片段遷移得更慢（與 EB 相比）,。
Goldview對于大的DNA片段有很好的染色效果，但是對于500bp以下的片段則不太好,。另一個致命的弱點是它的熒光團在紫外光下很容易猝滅,，通常需要5-10分鐘。會消失,。 Goldview 也不適合膠水回收,。 Goldview實際上是AO（吖啶橙，劇毒產(chǎn)品）,，其熒光效果遠(yuǎn)不如EB,，靈敏度差，底色嚴(yán)重,，不適合回收,，不穩(wěn)定，在紫外光下誘導(dǎo)突變的能力較差高,。
穩(wěn)定性差,，毒性大。屬于花青素核酸染料,?；ㄇ嗨厝玖喜⒎菬o毒，只是低毒,。電泳等級已修改,。改性有以下三種： 1.添加鹵素或氰基。 2.插入環(huán)狀羥基,。 3,、添加穩(wěn)定劑。 SYBR Green I 是一種高靈敏度 DNA 熒光染料,，適用于各種電泳分析,，操作簡單：無需脫色或洗滌。至少可以檢測到20pg DNA,，比EB染色高25-100倍,。當(dāng)SYBR Green I與雙鏈DNA結(jié)合時，熒光信號將增強800-1000倍,。 SYBR Green I 染色的凝膠樣品熒光信號強,，背景信號低。 SYBR Green 和 SYBR Gold 的穩(wěn)定性遠(yuǎn)不如 EB。SYBR系列染料還可進入細(xì)胞對細(xì)胞核中的線粒體和DNA進行染色,，造成傷害,。 SYBR Green I已被證明在紫外線照射下具有很強的誘變能力，使DNA或其他物質(zhì)發(fā)生突變,。 （您也可能對。,。,。有興趣熒光染料示例和應(yīng)用）
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