詳細介紹
商品屬性:
產(chǎn)品名稱 | 規(guī)格 | 貨號 |
Bst 4.0 Basic Bead | 100Tx25μl | A-PJ1009 |
該制品為全體系凍干微球制品,內(nèi)含恒溫擴增所用的反應緩沖液、Mg2+,、dNTP,、Bst 4.0 DNA/RNA 聚合酶等,其不包含任何染料,,使用時只需要加入引物,、模板即可進行核酸恒溫擴增,。Bst 4.0 DNA/RNA 聚合酶具有依賴于 RNA 模板的聚合酶活性(逆轉(zhuǎn)錄),還具有依賴于DNA 的聚合酶活性,,因此無論 DNA 或 RNA 樣本均可使用該制品進行恒溫擴增,。該制品是進行 LAMP 及RT-LAMP 擴增反應的試劑。
本制品不包含任何顯色染料,,可自行搭配相關染料或檢測手段進行 LAMP 反應,,包括搭配 OG 染料管進行橙綠變色、搭配標記 Oligo 進行試紙條檢測,、搭配熒光染料進行熒光檢測,、搭配 Molecular Beacon 探針進行熒光檢測等方法。
儲存:-20℃保存 2 年,;室溫(25℃)保存>6 個月。
使用方法:(進行 LAMP 橙綠變色擴增):
1. 關于 OG 橙綠變色管說明:橙綠變色染料(OG Dye)以烘干的形式預加在8聯(lián)管蓋上,。LAMP反應完畢后,,將 0.2ml EP 管顛倒溶解 OG 染料后。LAMP的反應產(chǎn)物將與 OG 染料形成綠色肉眼可見變色反應(陽性),,而未擴增的 EP 管為深橙色(陰性),。本試劑管常溫長期保存。
2. 配制變色 LAMP 反應體系
在 OG 染料管(0.2ml EP)反應管中加入下述試劑
Bst4.0 Basic Bead 1 粒
10xLAMP Primer Mix 2.5 μl
模板 DNA/RNA X μl
ddH2O 到總體積 25 μl
10xLAMP Primer Mix 濃度:FIP/BIP 分別為 16 μM,、
注意:全部試劑加入完畢后,,輕彈 EP 管底部后,,再蓋上 OG 橙
3. 反應體系配好后,置于 65°C 進行反應 15~30min,。(擴增良好的引物組合,,通常 20min 即可變色,一般不超過30min),。
4. 觀察結(jié)果:反應結(jié)束后,,從加熱裝置中將反應管取出,室溫 2min,,使整個反應管冷卻下來,。再次用力將反應管
注意:
(1)觀察結(jié)果時,盡可能不要與配制反應空間共用,,以防止污染操作臺,。
(2)盡管 選取的為高密封
注意事項:
(1)關于礦物油的使用,在配制完 LAMP 反應體系后,,可加入一滴礦物油覆蓋于反應液上部,,以減少氣溶膠的污
(2)在使用其它熒光染料時,使用濃度可自行優(yōu)化,,通染料可能導致擴增失敗,。
(3)本試劑不支持,濁度,、pH 變色,、HNB 變色反應,請勿嘗試,。
(4)關于 LAMP 成品試劑的建議,, Bst 4.0 Basic Bead凍干球和 OG 橙綠變色管均為室溫穩(wěn)定狀態(tài),可長期保存,。將擴增引物加入到 OG 橙綠變色管底部,,于 70°C 烘干,再加入一粒凍干球即可制備成全體系檢測試劑,。
PCR基本步驟及注意事項,?
一、實驗原理
PCR是體外人工選擇性擴增DNA的一種方法,,它類似于生物體內(nèi)DNA的復制,。在生物體內(nèi)DNA復制需要模板、引物,、DNA聚合酶,、DNA解旋酶、 dNTPs,;而體外PCR反應同樣需要類似的成分,,有模板,、引物、PCR Buffer,、Taq酶,、dNTPs。其中引物是人工設計的特定序列,,實現(xiàn)對特定位置的擴增,;PCR Buffer提供一個反應的緩沖環(huán)境;反應過程同生物體內(nèi)一樣,,DNA雙鏈打開,,引物結(jié)合模板,延伸形成新鏈,。而這些過程在生物體內(nèi)靠DNA解旋酶解鏈,,而在體外在通過控制反應溫度實現(xiàn)的。如常用94℃變性模板DNA打開雙鏈,,在退火溫度處引物結(jié)合到模板上,,最后在72℃完成延伸,并反復重復此過程即可實現(xiàn)對特定片段DNA的大量擴增,。到第三循環(huán)開始才產(chǎn)生出和靶DNA區(qū)段相同的DNA分子,,進一步循環(huán)地產(chǎn)生出靶DNA區(qū)段的指數(shù)加倍。
在擴增后期,由于產(chǎn)物積累,使原來呈指數(shù)擴增的反應變成平坦的曲線,產(chǎn)物不再隨循環(huán)數(shù)而明顯上升,這稱為平臺效應,。平臺期(Plateau)會使原先由于錯配而產(chǎn)生的低濃度非特異性產(chǎn)物繼續(xù)大量擴增,,達到較高水平。因此,,應適當調(diào)節(jié)循環(huán)次數(shù),,在平臺期前結(jié)束反應, 減少非特異性產(chǎn)物,。到達平臺期(Plateau)所需循環(huán)次數(shù)取決于樣品中模板的拷貝,。
二、主要的成分
1.模板可以是多種形式,,主要包括基因組DNA,、質(zhì)粒DNA、攜帶病毒的基因組DNA,、PCR產(chǎn)物,,cDNA等,但不能為RNA,。對于不同類型的模板,其主要不同在于預變性的時間以及模板的量,。一般對于大的基因組DNA預變性時間10min足夠,,質(zhì)粒DNA2min,、攜帶病毒的基因組DNA預變性2min、PCR產(chǎn)物預變性2min即可,。
注意cDNA為單鏈DNA,,但仍可做PCR的模板,只不過在第一輪循環(huán)時只有一個引物結(jié)合,,合成另一條鏈,。從第二輪開始,兩個引物均與特異位點結(jié)合,,從而實現(xiàn)了與常規(guī)PCR的接軌,。而同作為單鏈的RNA卻不能進行PCR擴增,原因就在于實現(xiàn)PCR反應的是DNA聚合酶,,只能特意識別DNA鏈,。
2.對于模版的量來說,一般25ul體系DNA的質(zhì)量為50—100ng,。對于基因組DNA由于其結(jié)構(gòu)比較復雜,,提取的濃度也往往比較大,為防止?jié)舛冗^大對PCR造成影響,,故需對提取的DNA進行梯度稀釋,。否則濃度過高則可能會引起非特異性擴增。對于質(zhì)粒及PCR產(chǎn)物由于其結(jié)構(gòu)簡單,,且提取濃度一般較低,,則無需稀釋。
PCR實驗中應該注意的問題有哪些?
沒有ct值
檢測結(jié)果遇到?jīng)]有Ct值情況,排查是否有以下問題:
1,、循環(huán)數(shù)不夠(一般不超過45循環(huán),不僅背景值提高,定量也不準);
2,、PCR程序設置錯誤,檢測熒光信號的步驟有誤。一般SG法采用72℃延伸時采集,TaqMan法則一般在退火結(jié)束時或延伸時采集信號,另外熒光采集是否選中;
3,、引物或探針降解,。可通過PAGE電泳檢測引物和探針是否降解;
4,、模板量可能降解或上樣量不足(不超過500ng,根據(jù)試劑盒說明書即可), 對未知濃度的樣本應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;如果發(fā)生模板降解,應考慮樣本準備中雜質(zhì)的引入及反復凍融的情況,建議將模板樣本小量分裝儲備,避免反復凍融;
5,、引物探針是否合適(尤其是引物跨越內(nèi)含子,以確保擴增基因組DNA;上下游引物Tm值超過4℃以上也會影響擴增)。
ct值過晚
在相對定量中, Ct值一般控制在15—25之間比較好,如果在絕對定量中, 對低拷貝數(shù)的樣品,Ct值會增大, 但是一般不宜超過40循環(huán), 否則定量不準確,。
因此,判斷Ct值出現(xiàn)過晚是否屬于非正常情況, 需要根據(jù)具體實驗設計和目的進行,。
1、擴增效率低,。引物之間或者引物和探針的比例不合適, 需要進行優(yōu)化;引物或探針設計不合理, 需要重新設計;
2,、PCR程序不合適, 改用三步法進行反應, 或者優(yōu)化退火/延伸溫度, 可以適當降低退火溫度; 退火/延伸時間短(可以在推薦的時間條件下延長10s);
3、MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等,。PCR各種反應成分的降解或加樣量的不足;
4,、PCR產(chǎn)物太長,。PCR產(chǎn)物設計超過500bp;
5、模板中存在抑制物,。用高純度模板進行PCR檢測或?qū)⒛0暹M行稀釋,。
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