詳細(xì)介紹
商品屬性:
產(chǎn)品名稱 | 規(guī)格 | 貨號(hào) |
Tth MutS Protein | 50 ug | A-PJ1149 |
描述:
DNA 錯(cuò)配修復(fù)系統(tǒng)(MMR)主要由三種蛋白組成,,包括 MutS,、MutL 和 MutH,。其中 MutS 負(fù)責(zé)識(shí)別錯(cuò)配或未結(jié)合位點(diǎn)并與之結(jié)合,,隨后 MutL 蛋白與 MutS-DNA 形成復(fù)合體,,增強(qiáng)其穩(wěn)定性,,并激活 MutH 的內(nèi)切酶活性,,協(xié)同解旋酶和單鏈結(jié)合蛋白將錯(cuò)配序列切除,。 ttMutS 蛋白是一種分離自嗜熱棲熱菌(Thermus thermophilus)的DNA 錯(cuò)配修復(fù)蛋白,在最適溫度 65-75℃ 范圍內(nèi),,該蛋白具有依賴于 DNA 的 ATPase 活性,。 Tth MutS 蛋白在DNA 復(fù)制中識(shí)別錯(cuò)配堿基和插入堿基形成的 Loop 結(jié)構(gòu),其緊密結(jié)合 Loop 結(jié)構(gòu)從而阻止聚合酶的延伸,。因此,,其可用于錯(cuò)配 PCR 反應(yīng)(ARMS-PCR)和基因芯片中,除此外,,在基因合成中能阻止錯(cuò)配的產(chǎn)生,,降低基因突變率。
Storage Buffer:
20mM Tris-HCl,,pH7.5
200mM NaCl
5mM DTT
50%甘油
PCR基本步驟及注意事項(xiàng),?
一、實(shí)驗(yàn)原理
PCR是體外人工選擇性擴(kuò)增DNA的一種方法,,它類似于生物體內(nèi)DNA的復(fù)制,。在生物體內(nèi)DNA復(fù)制需要模板、引物,、DNA聚合酶,、DNA解旋酶、 dNTPs,;而體外PCR反應(yīng)同樣需要類似的成分,,有模板、引物,、PCR Buffer,、Taq酶、dNTPs,。其中引物是人工設(shè)計(jì)的特定序列,,實(shí)現(xiàn)對(duì)特定位置的擴(kuò)增,;PCR Buffer提供一個(gè)反應(yīng)的緩沖環(huán)境;反應(yīng)過程同生物體內(nèi)一樣,,DNA雙鏈打開,,引物結(jié)合模板,延伸形成新鏈,。而這些過程在生物體內(nèi)靠DNA解旋酶解鏈,,而在體外在通過控制反應(yīng)溫度實(shí)現(xiàn)的。如常用94℃變性模板DNA打開雙鏈,,在退火溫度處引物結(jié)合到模板上,,最后在72℃完成延伸,并反復(fù)重復(fù)此過程即可實(shí)現(xiàn)對(duì)特定片段DNA的大量擴(kuò)增,。到第三循環(huán)開始才產(chǎn)生出和靶DNA區(qū)段相同的DNA分子,,進(jìn)一步循環(huán)地產(chǎn)生出靶DNA區(qū)段的指數(shù)加倍。
在擴(kuò)增后期,由于產(chǎn)物積累,使原來呈指數(shù)擴(kuò)增的反應(yīng)變成平坦的曲線,產(chǎn)物不再隨循環(huán)數(shù)而明顯上升,這稱為平臺(tái)效應(yīng),。平臺(tái)期(Plateau)會(huì)使原先由于錯(cuò)配而產(chǎn)生的低濃度非特異性產(chǎn)物繼續(xù)大量擴(kuò)增,,達(dá)到較高水平。因此,,應(yīng)適當(dāng)調(diào)節(jié)循環(huán)次數(shù),,在平臺(tái)期前結(jié)束反應(yīng), 減少非特異性產(chǎn)物,。到達(dá)平臺(tái)期(Plateau)所需循環(huán)次數(shù)取決于樣品中模板的拷貝,。
二、主要的成分
1.模板可以是多種形式,,主要包括基因組DNA,、質(zhì)粒DNA、攜帶病毒的基因組DNA,、PCR產(chǎn)物,,cDNA等,但不能為RNA,。對(duì)于不同類型的模板,,其主要不同在于預(yù)變性的時(shí)間以及模板的量。一般對(duì)于大的基因組DNA預(yù)變性時(shí)間10min足夠,,質(zhì)粒DNA2min,、攜帶病毒的基因組DNA預(yù)變性2min、PCR產(chǎn)物預(yù)變性2min即可,。
注意cDNA為單鏈DNA,,但仍可做PCR的模板,只不過在第一輪循環(huán)時(shí)只有一個(gè)引物結(jié)合,,合成另一條鏈,。從第二輪開始,,兩個(gè)引物均與特異位點(diǎn)結(jié)合,從而實(shí)現(xiàn)了與常規(guī)PCR的接軌,。而同作為單鏈的RNA卻不能進(jìn)行PCR擴(kuò)增,,原因就在于實(shí)現(xiàn)PCR反應(yīng)的是DNA聚合酶,只能特意識(shí)別DNA鏈,。
2.對(duì)于模版的量來說,,一般25ul體系DNA的質(zhì)量為50—100ng。對(duì)于基因組DNA由于其結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜,,提取的濃度也往往比較大,,為防止?jié)舛冗^大對(duì)PCR造成影響,故需對(duì)提取的DNA進(jìn)行梯度稀釋,。否則濃度過高則可能會(huì)引起非特異性擴(kuò)增,。對(duì)于質(zhì)粒及PCR產(chǎn)物由于其結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單,且提取濃度一般較低,,則無需稀釋。
PCR實(shí)驗(yàn)中應(yīng)該注意的問題有哪些?
沒有ct值
檢測(cè)結(jié)果遇到?jīng)]有Ct值情況,排查是否有以下問題:
1,、循環(huán)數(shù)不夠(一般不超過45循環(huán),不僅背景值提高,定量也不準(zhǔn));
2,、PCR程序設(shè)置錯(cuò)誤,檢測(cè)熒光信號(hào)的步驟有誤。一般SG法采用72℃延伸時(shí)采集,TaqMan法則一般在退火結(jié)束時(shí)或延伸時(shí)采集信號(hào),另外熒光采集是否選中;
3,、引物或探針降解,。可通過PAGE電泳檢測(cè)引物和探針是否降解;
4,、模板量可能降解或上樣量不足(不超過500ng,根據(jù)試劑盒說明書即可), 對(duì)未知濃度的樣本應(yīng)從系列稀釋樣本的最高濃度做起;如果發(fā)生模板降解,應(yīng)考慮樣本準(zhǔn)備中雜質(zhì)的引入及反復(fù)凍融的情況,建議將模板樣本小量分裝儲(chǔ)備,避免反復(fù)凍融;
5,、引物探針是否合適(尤其是引物跨越內(nèi)含子,以確保擴(kuò)增基因組DNA;上下游引物Tm值超過4℃以上也會(huì)影響擴(kuò)增)。
ct值過晚
在相對(duì)定量中, Ct值一般控制在15—25之間比較好,如果在絕對(duì)定量中, 對(duì)低拷貝數(shù)的樣品,Ct值會(huì)增大, 但是一般不宜超過40循環(huán), 否則定量不準(zhǔn)確,。
因此,判斷Ct值出現(xiàn)過晚是否屬于非正常情況, 需要根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和目的進(jìn)行,。
1、擴(kuò)增效率低,。引物之間或者引物和探針的比例不合適, 需要進(jìn)行優(yōu)化;引物或探針設(shè)計(jì)不合理, 需要重新設(shè)計(jì);
2,、PCR程序不合適, 改用三步法進(jìn)行反應(yīng), 或者優(yōu)化退火/延伸溫度, 可以適當(dāng)降低退火溫度; 退火/延伸時(shí)間短(可以在推薦的時(shí)間條件下延長(zhǎng)10s);
3、MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等,。PCR各種反應(yīng)成分的降解或加樣量的不足;
4,、PCR產(chǎn)物太長(zhǎng)。PCR產(chǎn)物設(shè)計(jì)超過500bp;
5,、模板中存在抑制物,。用高純度模板進(jìn)行PCR檢測(cè)或?qū)⒛0暹M(jìn)行稀釋。
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