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實時熒光定量 PCR (RT-qPCR) 實驗步驟
閱讀：482 發(fā)布時間：2024-9-29實時熒光定量 PCR (RT-qPCR) 是一種用于實時擴增和檢測特定 DNA 或 RNA 序列的分子生物學(xué)技術(shù)。該方法利用熒光染料或探針，當(dāng)與擴增的 DNA 或 RNA 分子結(jié)合時會發(fā)出信號,，從而可以對目標(biāo)序列進行量化。RT-qPCR 通常用于基因表達分析、病毒載量定量和基因突變檢測等應(yīng)用,。
RT-qPCR原理的三個主要步驟：
1 反轉(zhuǎn)錄：
使用逆轉(zhuǎn)錄酶和特定引物將RNA樣品反轉(zhuǎn)錄成cDNA。
該步驟將RNA模板轉(zhuǎn)化為更穩(wěn)定且可擴增的DNA形式,。
反轉(zhuǎn)錄過程中使用特定引物,。
2 PCR擴增：
使用特定引物對cDNA進行PCR擴增，這些引物環(huán)繞目標(biāo)區(qū)域,。
PCR是一個循環(huán)過程,，呈指數(shù)級擴增DNA模板的數(shù)量。
PCR反應(yīng)中包含熒光染料或探針,，它們結(jié)合到擴增的DNA序列上并發(fā)出熒光信號,。
3 熒光實時檢測：
使用實時PCR儀器實時監(jiān)測熒光信號,。
熒光的數(shù)量與每個PCR循環(huán)中擴增的DNA數(shù)量成比例。
使用專業(yè)軟件分析數(shù)據(jù)以確定循環(huán)閾值（Ct）值,，該值表示熒光信號達到特定閾值水平所需的循環(huán)數(shù),。Ct值用于計算原始樣品中存在的目標(biāo)DNA量，從而允許進行基因表達或病毒載量等定量分析,。
實驗步驟：
1,、RNA提取：RNA的提取是參照全式金生物的Transzol up提取試劑盒完成的,。
A,、離心機4℃預(yù)冷，準(zhǔn)備試劑：氯仿,、異內(nèi)醇,、75%乙醇（用DEPC水配制）、無RNase的水或DEPC水,、無酶吸頭及試管,，戴口罩、帽子,、無粉乳膠手套,；
B、取出轉(zhuǎn)染建模成功24h后的細(xì)胞,，吸棄培養(yǎng)液,，用1×PBS清洗1次；
C,、每10cm2生長的細(xì)胞加入1mL的Transzol Up, 放置片刻后使用移液槍吹打細(xì)胞使其全脫落,；
D、用移液槍反復(fù)吹吸裂解液直至無明顯沉淀,，將裂解液全部轉(zhuǎn)移至標(biāo)記好的1.5mL EP管中,，室溫靜置5min；
E,、往每個EP管中加0.2mL氯仿（Transzol Up體積的1/5）,，混勻振蕩30s，室溫靜置3min,；
F、4℃條件下10000g離心15min,，離心后RNA主要分布在上層水相中,，體積約50%；
G,、轉(zhuǎn)移上層水相于新的EP管中（約400μL,，注意不要吸取到下層）,，每管加入0.5mL異丙醇 （Transzol Up體積的1/2），顛倒混勻,，室溫孵育10min,；
H、4℃下10000g離心10min后在管側(cè)和管底形成膠狀沉淀,，吸棄上清,，加1mL 75%乙醇吹懸沉淀；
I,、4℃下7500g離心5min后棄上清,，盡量吸凈，室溫晾干沉淀5min,，依細(xì)胞量加入30~100μL的RNA溶解液,；
K、55℃~60℃金屬浴10min,，-80℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
2,、cDNA合成：見上文
3、qPCR：按表2.6,，在ABI熒光定量PCR儀專用96孔板中建立qPCR反應(yīng)體系,，反應(yīng)程序為兩步法（表2.11）
4、RT-qPCR統(tǒng)計：每個基因在不同組別中的表達在獲得3個重復(fù)的Ct值后,，從ABI系統(tǒng)中拷貝原始數(shù)據(jù),，挑出“Ct SD"值大于0.5的組別（需重新實驗），求出各個組的管家基因GAPDH的均值（一般相差1個Ct值以內(nèi)）,，再依次求出實驗組和對照組與各自的GAPDH之間的Ct差值,，即得到第一個ΔCt，隨后求出實驗組ΔCt和對照組ΔCt的差值,，即可得到第二個ΔCt（ΔΔCt）,，最后使用2 -ΔΔCt法求出實驗組相對于對照組的Ct值變化倍數(shù)（實驗組2 -ΔΔCt/對照組2 -ΔΔCt=實驗組2 -ΔΔCt/2 0=實驗組2 -ΔΔCt）。將3組實驗組數(shù)據(jù)導(dǎo)入Graphpad 9.0,，輸入對照組數(shù)據(jù)為1,，使用Student's t或ANOVA進行假設(shè)檢驗，p<0.05被認(rèn)為有統(tǒng)計學(xué)差異,。