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逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)要素分析
閱讀:973 發(fā)布時(shí)間:2022-11-14逆轉(zhuǎn)錄(reverse transcription)是以 RNA 為模板合成 DNA 的過程,即 RNA 指導(dǎo)下的 DNA 合成,,逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)包括3大要素,,分別是引物、逆轉(zhuǎn)錄酶和 RNA 模板:
逆轉(zhuǎn)錄過程
1. 引物:逆轉(zhuǎn)錄引物主要有3種,,包括 Oligo(dT),、Random Primers 和基因特異性引物(GSP)。其中 Oligo(dT)具有12-20個(gè) T 堿基,,并且與真核生物 mRNA 的 3’Poly A 尾配對,,可合成全長的 cDNA,但僅擴(kuò)增有 polyA 尾的 mRNA ,,對模板質(zhì)量要求高,,較適合克隆實(shí)驗(yàn)。而 Random Primers 具有6-9個(gè)堿基,,可隨機(jī)識別模板并結(jié)合,,適合復(fù)雜結(jié)構(gòu)和微量模板,但特異性低,,小片段多,,適合后續(xù) qPCR 實(shí)驗(yàn)?;蛱禺愋砸锟梢宰R別特定模板序列,,具有特異性強(qiáng),靈敏度高的特點(diǎn),,但需合成特定的序列,。所以根據(jù)不同實(shí)驗(yàn)需求可進(jìn)行相應(yīng)引物的選擇。
2. 逆轉(zhuǎn)錄酶:一種是來自純化的禽成髓細(xì)胞瘤病毒(AMV),,由兩條肽鏈組成,,具有聚合酶活性和很強(qiáng)的 RNaseH 活性,,它最適溫度是42℃,最適 pH8.3,,在高反應(yīng)溫度時(shí)可消除 mRNA 的二級結(jié)構(gòu)對逆轉(zhuǎn)錄的阻礙,,然而高水平的 RNaseH 的活性既抑制 cDNA 產(chǎn)生也限制其長度。另一種來源于鼠白血病病毒(M-MLV),,是單肽鏈的,,有 RNA 聚合酶活性和相對較弱的 RNaseH 活性,最適溫度37℃,,最適 pH7.6,,較弱的 RNaseH 活性對獲得2-3kb的 mRNA 的全長 cDNA 有很大好處。
3. RNA 模板:通常利用紫外分光光度計(jì)檢測純度,,要求A260/280=1.9~2.1,,A260/230=2.0~2.2。利用瓊脂糖凝膠電泳檢測 RNA 的完整度,,完整的總 RNA 在進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳時(shí)會產(chǎn)生清晰的28S 和18S rRNA 條帶(真核樣品),,28S rRNA 條帶的強(qiáng)度應(yīng)當(dāng)大致為18S rRNA 條帶的兩倍,并且無 gDNA 和蛋白殘留,。