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解決PCR產(chǎn)物中出現(xiàn)假陰性或無擴(kuò)增產(chǎn)物
閱讀:1758 發(fā)布時間:2022-5-23解決PCR產(chǎn)物中出現(xiàn)假陰性或無擴(kuò)增產(chǎn)物(即陽性對照中有條帶,而樣品則無條帶)方法:
1,、條帶放置時間過久,核酸被降解,,最好在48h內(nèi)進(jìn)行電泳檢測,。
2,、DNA模板純度低,,如含有雜蛋白質(zhì)或Taq酶抑制劑,可對DNA進(jìn)行再次純化或重新用優(yōu)質(zhì)試劑盒提取DNA; DNA濃度太低時,,可以加大模板量,;對具有二級結(jié)構(gòu)DNA使用較好的聚合酶;提取DNA時,,避免吸入酚類試劑,。
3、對設(shè)計不合理的引物進(jìn)行重新設(shè)計合成,;引物應(yīng)高濃度小量分裝保存,,防止多次凍融而降解失效;檢測引物OD值并進(jìn)行電泳檢測以確保兩條引物濃度一致,。
4,、酶失活時,更換新酶,,或新舊兩種酶同時使用,,以分析是否因酶的活性喪失或不夠而導(dǎo)致假陰性。
5,、PCR反應(yīng)條件:提高變性/退火溫度,;適當(dāng)增加循環(huán)次數(shù)。
6,、Mg2+濃度過低可影響PCR擴(kuò)增產(chǎn)量甚至使PCR擴(kuò)增失敗,,而Mg2+濃度過高會降低PCR的特異性,因而可適當(dāng)提高M(jìn)g2+濃度,。
7,、如果靶序列發(fā)生突變或缺失時,也會影響引物和模板的特異性結(jié)合,,產(chǎn)生假陰性結(jié)果,。
Q3:非特異性條帶擴(kuò)增或者條帶出現(xiàn)拖尾現(xiàn)象
Answer:
1、當(dāng)引物特異性差或引物形成二聚體時,,可重新設(shè)計引物或者使用巣式PCR
2,、若模板或引物濃度過高,可適當(dāng)降低模板或引物濃度
3,、酶量過多,,則適當(dāng)減少酶量
4、Mg2+濃度偏高,,則降低鎂離子濃度
5,、退火溫度偏低,,適當(dāng)提高退火溫度或使用二階段溫度法(94變性,65左右退火與延伸)
6,、循環(huán)次數(shù)過多,,不僅會降低擴(kuò)增效率,且會使錯誤摻入率增加,,因此需要減少循環(huán)次數(shù),。