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主要有三類方法：

1,、 單克隆環(huán)法：此類方法多用于整合率低的轉(zhuǎn)染方法或者需要得到單克隆細(xì)胞株的實(shí)驗(yàn),。其優(yōu)點(diǎn)在于工作量小,，只需將轉(zhuǎn)染或者病毒載體感染后的細(xì)胞按照一定的細(xì)胞密度轉(zhuǎn)移至新皿中,，并使用合適的藥物進(jìn)行篩選,，最后在克隆環(huán)的幫助下對單克隆細(xì)胞株進(jìn)行挑選,，并在新皿中完成擴(kuò)增。

缺點(diǎn)在于需要對細(xì)胞密度和藥物濃度繪制致死曲線并選取合適的細(xì)胞密度和藥物濃度進(jìn)行篩選,，一些細(xì)小的密度和濃度差別都會導(dǎo)致難以獲取均一的單克隆,，結(jié)果導(dǎo)致獲取的克隆不純，含有非整合的細(xì)胞,。穩(wěn)定整合的細(xì)胞在這樣一類混合細(xì)胞中,，很快會失去生長優(yōu)勢，最終導(dǎo)致失去穩(wěn)定株,。

2,、 96孔單克隆稀釋法：此類方法同樣多用于整合率低的轉(zhuǎn)染方法或者需要得到單克隆細(xì)胞株以及篩選懸浮細(xì)胞穩(wěn)定株的實(shí)驗(yàn)。其優(yōu)點(diǎn)在于,，理論上可以得到非常均一的單克隆,，同時(shí)可以篩選懸浮細(xì)胞穩(wěn)定株。其缺點(diǎn)在于,，工作量比較大,。

3,、 逆轉(zhuǎn)錄病毒混合克隆制備法：此類方法適用于需要制備混合穩(wěn)定株。

優(yōu)點(diǎn)在于可以在短時(shí)間內(nèi)(1周)獲得穩(wěn)定細(xì)胞株,，同時(shí)也可以隨時(shí)將細(xì)胞稀釋轉(zhuǎn)移至新皿中獲得單克隆細(xì)胞株,。缺點(diǎn)在于需要制備逆轉(zhuǎn)錄病毒載體。