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引物應(yīng)遵循以下原則:
①引物長度: 15-30bp,,常用為20bp左右。
②引物擴(kuò)增跨度: 以200-500bp為宜,,特定條件下可擴(kuò)增長至10kb的片段,。
③引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,,G+C過多易出現(xiàn)非特異條帶,。ATGC隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列,。
④避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級(jí)結(jié)構(gòu),,避免兩條引物間互補(bǔ),特別是3'端的互補(bǔ),,否則會(huì)形成引物二聚體,,產(chǎn)生非特異的擴(kuò)增條帶,。
⑤引物3'端的堿基,特別是末及倒數(shù)第二個(gè)堿基,,應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),,以避免因末端堿基不配對(duì)而導(dǎo)致PCR失敗。
⑥引物中有或能加上合適的酶切位點(diǎn),, 被擴(kuò)增的靶序列有適宜的酶切位點(diǎn),, 這對(duì)酶切分析或分子克隆很有好處。
⑦引物的特異性:引物應(yīng)與核酸序列數(shù)據(jù)庫的其它序列無明顯同源性,。
引物量:每條引物的濃度0.1~1umol或10~100pmol,,以低引物量產(chǎn)生所需要的結(jié)果為好,引物濃度偏高會(huì)引起錯(cuò)配和非特異性擴(kuò)增,,且可增加引物之間形成二聚體的機(jī)會(huì),。