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PCR反應(yīng)開始前的準(zhǔn)備工作：

PCR反應(yīng)開始前,，你需要準(zhǔn)備好DNA模板（基因組DNA或者反轉(zhuǎn)錄制備的cDNA）,特異性的引物（手動設(shè)計或利用軟件設(shè)計）并選擇合適的商業(yè)化DNA聚合酶（根據(jù)實驗的目的不同做出決定）,。

1,、DNA聚合酶的選擇,。

市面上有多種DNA聚合酶可供選擇，他們的特性也各有不同,。因此你需要選擇自己實驗需要的產(chǎn)品,。通常我們將DNA聚合酶分為高保真性聚合酶和普通的Taq聚合酶。如果你希望得到?jīng)]有任何突變的PCR產(chǎn)物,，那應(yīng)當(dāng)選擇高保真聚合酶,。若你只是希望判斷特異性序列的存在與否，那普通的Taq聚合酶已經(jīng)足夠,。另外要注意的一點是,，進(jìn)行T載體連接的時候，要了解高保真的聚合酶所得的產(chǎn)物是沒有A末端的,，因此你在T載體連接之前需要進(jìn)行加A反應(yīng),。或者直接選用普通的Taq聚合酶,。
2,、引物。

引物特異性會影響到PCR反應(yīng)成功的可能性,，好的引物設(shè)計對PCR成功至關(guān)重要,。設(shè)計引物時，有以下幾條原則需要謹(jǐn)慎考慮：
1）,、引物長度,。通常PCR引物長度在18-22個堿基之間。這對引物的特異性以及退火溫度而言均已足夠,。
2）,、解鏈溫度Tm。Tm值的定義是使得一半雙鏈DNA解螺旋成為單鏈DNA的溫度,。引物的Tm值通常要在52-58度之間,。
3）、GC含量,。GC含量為40-60%,。
就目前而言很多軟件都可以用來設(shè)計引物，如primer5和Oligo,。通常這些軟件設(shè)計得到的引物均可以滿足需要,。

操作步驟：
準(zhǔn)備好各種試劑和PCR儀，就可以開始PCR實驗：將各種試劑混合并按照說明書設(shè)置PCR反應(yīng),。一般PCR循環(huán)如下：

1,、起始步驟：這對于熱啟動PCR而言是必須的，將反應(yīng)混合液加熱至94-98度以激活DNA聚合酶,。這一步的時間取決于所選用的DNA聚合酶,。
2,、變性步驟：DNA本身是雙鏈結(jié)構(gòu)，而DNA擴(kuò)增需要引物與單鏈DNA模板相結(jié)合,。在這一步,，反應(yīng)混合液被加熱至94-98度保持20-30秒以破壞雙鏈間的氫鍵以便釋放出單鏈DNA。這是PCR循環(huán)中的第一步,。
3,、退火步驟：變性之后，DNA模板以單鏈的形式在反應(yīng)混合液中存在,。因為反應(yīng)體系中的引物與DNA模板互補(bǔ),，當(dāng)反應(yīng)溫度降至50-65度時，引物與互補(bǔ)的序列形成氫鍵,。退火溫度主要取決于引物的Tm值，通常比引物Tm值低3-5度,。這一步通常維持20-40秒,，而聚合酶會結(jié)合至引物-模板雙鏈處開始DNA合成。
4,、延伸步驟：在這一步,，DNA聚合酶開始DNA合成，因此這一步的溫度選取的是DNA聚合酶的溫度,。通常我們選用72度,，但某些DNA聚合酶的最適溫度是68度。這一步與體內(nèi)的DNA復(fù)制很相似：DNA聚合酶按照堿基互補(bǔ)規(guī)律將dNTPs加到引物的3’末端最終得到新的DNA雙鏈片段,。延伸時間取決于目的DNA片段的長度和DNA聚合酶的合成能力,。一般而言DNA聚合酶每60秒能夠合成1kb長度的DNA。
5,、第2步至第4步稱為一個循環(huán)：每次循環(huán)之后DNA的量均是前一次的兩倍,。通常一次PCR反應(yīng)進(jìn)行30-35個循環(huán)。在前幾輪的PCR循環(huán)過程中PCR產(chǎn)物的量以指數(shù)速率增長,，但是到了反應(yīng)后期隨著dNTPs和引物的量的減少以及DNA聚合酶的失活,，反應(yīng)速率逐漸下降，因此PCR反應(yīng)的產(chǎn)量也受到了限制,。
6,、最后的延伸步驟：當(dāng)30-35個循環(huán)結(jié)束后，我們通常會以68-74度延伸5-10分鐘,，這是希望使反應(yīng)體系中殘留的單鏈DNA全部反應(yīng)完畢,。
7、維持時間：通常我們設(shè)置4-10度為反應(yīng)后PCR產(chǎn)物的保存溫度,。