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聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（polymerase chain reaction，PCR）模擬體內(nèi)DNA復(fù)制條件,，應(yīng)用DNA聚合酶反應(yīng),，體外程序化地特異性擴(kuò)增某一DNA片段的技術(shù)。PCR的最大特點,，是能將微量的DNA大幅增加,。

一 、模板質(zhì)量問題：　　
　　1）模板提取不完整,，其中不含你的目的基因,，或目的基因含量太低?？梢耘軅€電泳看看提取的DNA,，PCR陽性樣品與陰性樣品是否有明顯差別。如果確定是這種問題,，可以增加模板量試試,，但不一定行得通?！?/span>
　　2）模板里面殘留某種試劑成份,，可能抑制Taq聚合酶的活性，如果是這種情況,，可以用試劑盒把模板再純化一下,，或?qū)⒛０遄鰝€梯度稀釋以確定最佳的模板量
　　3） 為什么跑電泳會出現(xiàn)拖帶呢,？　
　　1. 有可能的因為你的電壓調(diào)的太高了。電泳跟很多因素有關(guān),，其中就有一個是電壓,，在適當(dāng)?shù)碾妷悍秶鷥?nèi)增加是可以加快遷移速率，但是要是超到一個臨界值反而有害,。你可以適當(dāng)?shù)恼{(diào)低點看看,。
　　2.有時候發(fā)現(xiàn)上樣量太多的話會有拖帶。你看能否回收之后 ,，按1:50 或1:100 等稀釋后,，再當(dāng)成模板擴(kuò)一次怎么樣。
　

二 ,、引物問題
　　1）樣品自身的基因型差異導(dǎo)致擴(kuò)增失敗,。也就是說你的引物與某些基因型的樣品結(jié)合的好，而和另一些基因型結(jié)合不好,?？梢該Q一對更保守的引物試試。祝順利,！
　　
　　2）普通PCR所用的一對引物中有一個引物加多了,，為正常的三倍只要引物特異性比較好，那么不會產(chǎn)生大的影響,。如果恰巧是加多的這條引物不是很特異的話,，也許會擴(kuò)出來非特異帶。
　　
　　在制備單鏈探針時候就采取這樣的不對稱pcr,，沒關(guān)系的三Taq酶處于失活狀態(tài),。因為活性降低了能出現(xiàn)二聚體。
　　
三,、Taq酶處于失活狀態(tài),。因為活性降低了能出現(xiàn)二聚體。
　　
四,、模板濃度過低,。
　　
五、退火溫度過高,。有可能,，可以做個梯度PCR試一下。
　　
六,、循環(huán)次數(shù)過少或延伸時間過短以致目的基因擴(kuò)增量不夠,。這個可能性不大,。
　　
七,、dNTP濃度低時PCR產(chǎn)率及特異性均增高,，適合于用擴(kuò)增摻入法標(biāo)記生物素及放射性元素。當(dāng)100μl PCR液中含dNTP各40μmol/L時就足以合成2.6μg的DNA（dNTP消耗一半）,所以,你不小心多加了4倍的量,會很影響PCR結(jié)果,即Taq酶活力要降低20～30%,，即底物抑制,。
　　
八、PCR產(chǎn)物電泳
　　1.電泳圖不清晰,，可能電泳緩沖液和制膠緩沖液濃度不準(zhǔn)或者臟了吧,。換新的電泳緩沖液和制膠緩沖液試試。marker都出問題說明是膠的問題,，或者電泳操作的問題,。
　　
　　2. PCR擴(kuò)增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,，dNTP濃度過高,，Mg2+濃度過高，退火溫度過低,，循環(huán)次數(shù)過多引起,。