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RT-PCR引物的設(shè)計(jì)原則把握
閱讀:334 發(fā)布時間:2023-4-231,、引物的特異性決定PCR反應(yīng)特異性,。因此引物設(shè)計(jì)是否合理對于整個實(shí)驗(yàn)有著至關(guān)重要的影響,。在引物設(shè)計(jì)時要充分考慮到可能存在的同源序列,同種蛋白的不同亞型,,不同的mRNA剪切方式以及可能存在的hnRNA對引物的特異性的影響,。盡量選擇覆蓋相連兩個內(nèi)含子的引物,或者在目的蛋白表達(dá)過程中特異存在而在其他亞型中不存在的內(nèi)含子,。
2、引物設(shè)計(jì)原則的把握包括:
1、.引物長度:一般為15~30 bp ,,引物太短會影響PCR的特異性,,引物太長PCR的最適延伸溫度會超過Taq酶的最適溫度,也影響反應(yīng)的特異性,。
2,、.堿基分布:四種堿基最好應(yīng)隨機(jī)分布,避免嘌呤或嘧啶的聚集存在,,特別是連續(xù)出現(xiàn)3個以上的單一堿基,。GC含量(Tm值):40%~60%,PCR擴(kuò)增的復(fù)性溫度一般是較低Tm值減去5~10度,。
3,、3‘端要求:3’端必須與模板嚴(yán)格互補(bǔ),不能進(jìn)行任何修飾,,也不能有形成任何二級結(jié)構(gòu)的可能,。末位堿基是A時錯配的引發(fā)效率zui低,G,、C居中間,,因此引物的3’端最好選用A、G,、C而盡可能避免連續(xù)出現(xiàn)兩個以上的T,。
4、引物自身二級結(jié)構(gòu):引物自身不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,,否則會自身折疊成發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)或引物自身復(fù)性,。
5、引物之間的二級結(jié)構(gòu):兩引物之間不應(yīng)有多于4個連續(xù)堿基互補(bǔ),,3’端不應(yīng)超過2個,。
6、同源序列:引物與非特異擴(kuò)增序列的同源性應(yīng)小于連續(xù)8個的互補(bǔ)堿基存在,。
g.5’端無嚴(yán)格限制:5’末端堿基可以游離,,但最好是G或C,使PCR產(chǎn)物的末端結(jié)合穩(wěn)定,。還可以進(jìn)行特異修飾(標(biāo)記,、酶切位點(diǎn)等)等等。
根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康倪x擇適當(dāng)?shù)囊?。常用引物設(shè)計(jì)軟件如Primer5.0,,Oligo6.0等對于這些條件都可以自行設(shè)置。