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環(huán)孢子蟲探針法熒光定量PCR試劑盒所使用的熒光物質(zhì)可分為兩種：熒光探針和熒光染料?，F(xiàn)將其原理簡述如下：
1. TaqMan熒光探針：PCR擴(kuò)增時(shí)在加入一對引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸,，兩端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。探針完整時(shí),，報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號被淬滅基團(tuán)吸收,；PCR擴(kuò)增時(shí),，Taq酶的5'－3'外切酶活性將探針酶切降解,，使報(bào)告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離,，從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號，即每擴(kuò)增一條DNA鏈,，就有一個(gè)熒光分子形成，實(shí)現(xiàn)了熒光信號的累積與PCR產(chǎn)物形成*同步,。而新型TaqMan-MGB探針使該技術(shù)既可進(jìn)行基因定量分析,，又可分析基因突變（SNP），有望成為基因診斷和個(gè)體化用藥分析的技術(shù)平臺,。
2. SYBR熒光染料：在PCR反應(yīng)體系中,，加入過量SYBR熒光染料,，SYBR熒光染料非特異性地?fù)饺隓NA雙鏈后,，發(fā)射熒光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會(huì)發(fā)射任何熒光信號,，從而保證熒光信號的增加與PCR產(chǎn)物的增加*同步,。SYBR僅與雙鏈DNA進(jìn)行結(jié)合,，因此可以通過溶解曲線，確定PCR反應(yīng)是否特異,。
3. 分子信標(biāo)：是一種在5和3末端自身形成一個(gè)8個(gè)堿基左右的發(fā)夾結(jié)構(gòu)的莖環(huán)雙標(biāo)記寡核苷酸探針,，兩端的核酸序列互補(bǔ)配對，導(dǎo)致熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)緊緊靠近,，不會(huì)產(chǎn)生熒光。PCR產(chǎn)物生成后,，退火過程中,，分子信標(biāo)中間部分與特定DNA序列配對，熒光基因與淬滅基因分離產(chǎn)生熒光 ,。