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實驗方法原理    實時熒光定量PCR技術(shù),，是指在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團,，利用熒光信號積累實時監(jiān)測整個PCR進程,，后通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知模板進行定量分析的方法,。
實驗材料    細胞樣品
試劑,、試劑盒    RNA提取試劑盒熒光定量PCR MixTRIZOLdNTP逆轉(zhuǎn)錄酶MMLVTaq酶DEPC水ddH2OTEMgCl2瓊脂糖溴化乙錠MOPS甲醛乙酸鈉EDTAEB溴酚蘭
儀器、耗材    離心管離心機風(fēng)光光度計電泳槽凝膠板Realtime PCR儀
實驗步驟    
一,、 樣品RNA的抽提
 
1.  取凍存已裂解的細胞,，室溫放置5分鐘使其*溶解。
 
2.  兩相分離 每1 ml的TRIZOL試劑裂解的樣品中加入0.2 ml的,，蓋緊管蓋,。手動劇烈振蕩管體15秒后，15到30℃孵育2到3分鐘,。4℃下12 000 rpm離心15分鐘,。離心后混合液體將分為下層的紅色酚相,，中間層以及無色水相上層。RNA全部被分配于水相中,。水相上層的體積大約是勻漿時加入的TRIZOL試劑的60%,。
 
3.  RNA沉淀 將水相上層轉(zhuǎn)移到一干凈無RNA酶的離心管中。加等體積混合以沉淀其中的RNA,，混勻后15到30℃孵育10分鐘后,，于4℃下12 000 rpm 離心10分鐘。此時離心前不可見的RNA沉淀將在管底部和側(cè)壁上形成膠狀沉淀塊,。
 
4.  RNA清洗 移去上清液,，每1 mlTRIZOL試劑裂解的樣品中加入至少1 ml的75%乙醇（75%乙醇用DEPCH2O配制），清洗RNA沉淀,?；靹蚝螅?℃下7 000 rpm離心5分鐘,。
 
5.  RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液,，使RNA沉淀在室溫空氣中干燥5-10分鐘。
 
6.  溶解RNA沉淀 溶解RNA時,，先加入無RNA酶的水4 0ul用槍反復(fù)吹打幾次,，使其*溶解，獲得的RNA溶液保存于-80℃待用,。
 
二,、 RNA質(zhì)量檢測
 
1.  紫外吸收法測定
 
先用稀釋用的TE溶液將分光光度計調(diào)零。然后取少量RNA溶液用TE稀釋（1:100）后,，讀取其在分光光度計260nm和280nm處的吸收值,，測定RNA溶液 濃度和純度。
 
 （1）濃度測定
 
A260下讀值為1表示40 ug RNA/ml,。樣品RNA濃度(μg/ml)計算公式為：A260 x 稀釋倍數(shù) x 40 ug/ml,。具體計算如下：
 
RNA溶于40 ul DEPC水中，取5 ul,，1:100稀釋至495 ul的TE中,，測得A260 = 0.21
 
RNA 濃度= 0.21 x 100 x 40 ug/ml = 840 ug/ml 或 0.84 ug/ul
 
取5 ul用來測量以后，剩余樣品RNA為35 ul,，剩余RNA總量為：
 
35 ul x 0.84 ug/ul = 29.4 ug
 
（2）純度檢測
 
RNA溶液的A260/A280的比值即為RNA純度,，比值范圍1.8到2.1。
 
2.  變性瓊脂糖凝膠電泳測定
 
（1）制膠
 
1 g瓊脂糖溶于72 ml水中,，冷卻至60℃,，10 ml的10 x MOPS電泳緩沖液和18 ml的37% 。

10x MOPS電泳緩沖液
濃度  成分
0.4 M  MOPS，pH 7.0
0.1 M  乙酸鈉
0.01 M  EDTA
 
灌制凝膠板,，預(yù)留加樣孔至少可以加入25 μl溶液,。膠凝后取下梳子，將凝膠板放入電泳槽內(nèi),，加足量的1xMOPS電泳緩沖液至覆蓋膠面幾個毫米,。
 
（2）準(zhǔn)備RNA樣品
 
取3 ugRNA，加3倍體積的甲醛上樣染液,，加EB于甲醛上樣染液中至終濃度為10 ug/ml,。加熱至70℃孵育15分鐘使樣品變性。
 
（3）電泳
 
上樣前凝膠須預(yù)電泳5 min,，隨后將樣品加入上樣孔,。5-6 V/cm電壓下2 h，電泳至溴酚蘭指示劑進膠至少2-3 cm,。
 
（4）紫外透射光下觀察并拍照
 
28S和18S核糖體RNA的帶非常亮而濃（其大小決定于用于抽提RNA的物種類型）,，上面一條帶的密度大約是下面一條帶的2倍。還有可能觀察到一個更小稍微擴散的帶,，它由低分子量的RNA（tRNA和5S核糖體RNA）組成,。在18S和28S核糖體帶之間可以看到一片彌散的EB染色物質(zhì)，可能是由mRNA和其它異型RNA組成,。RNA制備過程中如果出現(xiàn)DNA污染,，將會在28S核糖體RNA帶的上面出現(xiàn)，即更高分子量的彌散遷移物質(zhì)或者帶,，RNA的降解表現(xiàn)為核糖體RNA帶的彌散,。用數(shù)碼照相機拍下電泳結(jié)果。
 
三,、樣品cDNA合成
 
1.  反應(yīng)體系
 
序號          反應(yīng)物           劑量
1          逆轉(zhuǎn)錄buffer       2 ul
2         上游引物              0.2 ul
3         下游引物              0.2 ul
4          dNTP                   0.1 ul
5       逆轉(zhuǎn)錄酶MMLV     0.5 ul
6         DEPC水              5 ul
7          RNA模版            2 ul
8           總體積               10 ul
 
輕彈管底將溶液混合,，6 000 rpm短暫離心。
 
2.  混合液在加入逆轉(zhuǎn)錄酶MMLV 之前先70℃干浴3分鐘,，取出后立即冰水浴至管內(nèi)外溫度一致,，然后加逆轉(zhuǎn)錄酶0.5 ul,，37℃水浴60分鐘,。
 
3.  取出后立即95℃干浴3分鐘，得到逆轉(zhuǎn)錄終溶液即為cDNA溶液,，保存于-80℃待用,。
 
四、 梯度稀釋的標(biāo)準(zhǔn)品及待測樣品的管家基因（β-actin）實時定量PCR
 
1.  β-actin陽性模板的標(biāo)準(zhǔn)梯度制備 陽性模板的濃度為1011,，反應(yīng)前取3 μl按10倍稀釋（加水27 ul并充分混勻）為1010,，依次稀釋至109、108、107,、106,、105、104,，以備用,。
 
2.  反應(yīng)體系如下：
 
標(biāo)準(zhǔn)品反應(yīng)體系
 
序號           反應(yīng)物                           劑量
1       SYBR Green 1 染料             10 ul
2       陽性模板上游引物F              0.5 ul
3      陽性模板下游引物R              0.5 ul
4                 dNTP                            0.5 ul
5                 Taq酶                           1 ul
6           陽性模板DNA                    5 ul
7              ddH2O                            32.5 ul
8               總體積                            50 ul
 
輕彈管底將溶液混合，6 000 rpm短暫離心,。
 
3.  管家基因反應(yīng)體系：
 
序號            反應(yīng)物                                劑量
1      SYBR Green 1 染料                   10 ul
2      內(nèi)參照上游引物F                         0.5 ul
3     內(nèi)參照下游引物R                         0.5 ul
4               dNTP                                    0.5 ul
5               Taq酶                                   1 ul
6      待測樣品cDNA                             5 ul
7              ddH2O                                  32.5 ul
8             總體積                                    50 ul

輕彈管底將溶液混合,， 6000 rpm短暫離心。
 
3.  制備好的陽性標(biāo)準(zhǔn)品和檢測樣本同時上機,，反應(yīng)條件為：93℃　2分鐘,，然后93℃ 1分鐘，55℃ 2分鐘,，共40個循環(huán),。
 
五、 制備用于繪制梯度稀釋標(biāo)準(zhǔn)曲線的DNA模板
 
1.  針對每一需要測量的基因,，選擇一確定表達該基因的cDNA模板進行PCR反應(yīng),。
 
2.  反應(yīng)體系
 
序號                     反應(yīng)物                        劑量
1                     10× PCR緩沖液            2.5 ul
2                           MgCl2 溶液              1.5 ul
3                           上游引物F                 0.5 ul
4                           下游引物R                0.5 ul
5                            dNTP混合液            3 ul
6                            Taq聚合酶               1 ul
7                             cDNA                       1 ul
8                    加水至總體積為               25 ul
 
輕彈管底將溶液混合，6000rpm短暫離心,。
 
35個PCR循環(huán)（94℃1分鐘,；55℃1分鐘；72℃1分鐘）,； 72?C延伸5分鐘,。
 
（3）PCR產(chǎn)物與 DNA Ladder在2％瓊脂糖凝膠電泳，溴化乙錠染色,，檢測PCR產(chǎn)物是否為單一特異性擴增條帶,。
 
（4）將PCR產(chǎn)物進行10倍梯度稀釋: 將PCR產(chǎn)物進行10倍梯度稀釋: 設(shè)定PCR產(chǎn)物濃度為1×1010，依次稀釋至109,、108,、107、106,、105,、104幾個濃度梯度。
 
六,、 待測樣品的待測基因?qū)崟r定量PCR

1.  所有cDNA樣品分別配置實時定量 PCR反應(yīng)體系,。
 
2.  體系配置如下：
 
序號             反應(yīng)物                                劑量
1            SYBR Green 1 染料               10 ul
2                上游引物                               1 ul
3                下游引物                               1 ul
4                  dNTP                                   1 ul
5              Taq聚合酶                               2 ul
6             待測樣品cDNA                        5 ul
7                   ddH2O                              30 ul
8                   總體積                               50 ul
 
輕彈管底將溶液混合，6 000 rpm短暫離心,。
 
（3）將配制好的PCR反應(yīng)溶液置于Realtime PCR儀上進行PCR擴增反應(yīng),。反應(yīng)條件為：93℃ 2分鐘預(yù)變性，然后按93℃ 1分鐘，55℃1分鐘,，72℃1分鐘,，共40做個循環(huán)，后72℃7分鐘延伸,。
 
七,、 實時定量PCR使用引物列表
 
引物設(shè)計軟件：Primer Premier 5.0，并遵循以下原則：引物與模板的序列緊密互補,；引物與引物之間避免形成穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu),；引物不在模板的非目的位點引發(fā)DNA 聚合反應(yīng)(即錯配)。
 
八,、電泳
 
各樣品的目的基因和管家基因分別進行Realtime PCR反應(yīng),。PCR產(chǎn)物與 DNA Ladder在2％瓊脂糖凝膠電泳，GoldView染色,，檢測PCR產(chǎn)物是否為單一特異性擴增條帶,。
收起 
注意事項    
1.熒光閾值：在熒光擴增曲線指數(shù)增長長期設(shè)定一個熒光強度標(biāo)準(zhǔn)（即PCR擴增產(chǎn)物量標(biāo)準(zhǔn)）。熒光閾值可設(shè)定在指數(shù)擴增階段任意位置上,，但實際應(yīng)用要結(jié)合擴增效率,，線性回歸系數(shù)等參數(shù)來綜合考慮。

2.Ct值：在PCR擴增過程中,，擴增產(chǎn)物（熒光信號）到達閾值時所經(jīng)過的擴增循環(huán)次數(shù),。Ct值具有*的重復(fù)性。
其他    
實時熒光定量PCR技術(shù)有效地解決了傳統(tǒng)定量只能終點檢測的局限,，實現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測一次熒光信號的強度,，并記錄在電腦軟件之中，通過對每個樣品Ct值的計算,，根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線獲得定量結(jié)果,。因此，實時熒光定量PCR無需內(nèi)標(biāo)是建立在兩個基礎(chǔ)之上的：

1）Ct值的重現(xiàn)性PCR循環(huán)在到達Ct值所在的循環(huán)數(shù)時,，剛剛進入真正的指數(shù)擴增期（對數(shù)期）,，此時微小誤差尚未放大，因此Ct值的重現(xiàn)性*,，即同一模板不同時間擴增或同一時間不同管內(nèi)擴增,，得到的Ct值是恒定的。

2）Ct值與起始模板的線性關(guān)系由于Ct值與起始模板的對數(shù)存在線性關(guān)系,，可利用標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知樣品進行定量測定,，因此,，實時熒光定量PCR是一種采用外標(biāo)準(zhǔn)曲線定量的方法,。

外標(biāo)準(zhǔn)曲線的定量方法相比內(nèi)標(biāo)法是一種準(zhǔn)確的、值得信賴的科學(xué)方法。利用外標(biāo)準(zhǔn)曲線的實時熒光定量PCR是迄今為止定量準(zhǔn)確,，重現(xiàn)性,、的定量方法，已得到*的*,，廣泛用于基因表達研究,、轉(zhuǎn)基因研究，藥物療效考核,、病原體檢測等諸多領(lǐng)域,。