鑒于二氧化碳培養(yǎng)箱在使用過程中會伴隨著微生物滋生，為確保培養(yǎng)箱免受污染,，細胞能擁有安全的生長環(huán)境,，出現(xiàn)了各種滅菌方法：如紫外滅菌消毒、HEPA過濾除菌,、液體消毒劑及加熱滅菌等,。
1紫外滅菌消毒
難以清除二氧化碳培養(yǎng)箱風道等避光處污染，且紫外燈光線會隨時間而衰減,，滅菌效果較差,。
2HEPA過濾器除菌
內部增加HEPA濾膜,，箱內不銹鋼內膽光滑表面等都具有污染物防護作用。
3二氧化碳培養(yǎng)箱液體消毒劑
簡易的消毒方法,，有一定的效果但不能保證*滅菌,。
相較而言，加熱滅菌方式是比較有效的方法,，分為濕熱滅菌和干熱滅菌兩種,，目前市面上常見的是90度濕熱滅菌和140度干熱滅菌兩種。
4二氧化碳培養(yǎng)箱濕熱滅菌
濕熱滅菌指溫度超過100℃后水轉變?yōu)樗羝a(chǎn)生高壓強,，對微生物進行高壓及穿透性導熱滅菌,，而培養(yǎng)箱使用90℃濕熱滅菌通常無法達到理想的滅菌效果,。
5二氧化碳培養(yǎng)箱干熱滅菌
干熱滅菌是通過高溫使蛋白質及核酸變性失活,，達到殺滅的目的，但干熱140度仍會存在滅菌不*的情況,，部分芽孢和孢子可能無法滅活,。
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