CUT&RUN實驗可以用來分析多種蛋白的染色質(zhì)圖譜，包括PTMs,，轉(zhuǎn)錄因子,，染色質(zhì)remodelers和染色質(zhì)writers/readers。

如果你對這個技術(shù)不是很熟悉,，建議你從細胞類型,、實驗條件、對照,、抗體等方面來入手,。這個試劑盒它可以兼顧多種細胞類型。

對于未固定的細胞,，是研究組蛋白PTMs和轉(zhuǎn)錄因子理想的實驗材料,。這種細胞可以有多種來源，包括貼壁,、懸浮細胞,，組織樣品。

CUT&RUN也可以用lightly-crosslinked細胞,，樣品固定一般用于研究一些染色質(zhì)瞬時作用因子和某些PTMs,。也可以提取nuclei，這種方法用于研究那些量很少的PTMs和蛋白,。另外,，當你的實驗材料是免疫細胞時，也推薦提取nuclei,，因為ConA beads可以激活某些免疫細胞,。

對照和標準化是整個實驗的關(guān)鍵步驟。陽性對照推薦使用H3K4me3或者H3K27me3,,；陰性對照推薦使用Rabbit IgG,。你還可以使用spike-in來進行標準化。

在zui近的一項研究中,，佛羅里達大西洋大學和國家糖尿病,、消化和腎臟疾病研究所的科學家們利用CUT&RUN技術(shù)建立了一個功能性全基因組圖譜，該圖譜是一種稱為缺氧誘導因子的蛋白質(zhì)復合物的特異性結(jié)合位點—HIF1α,，位于人眼的晶狀體中,。該團隊表示選擇CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因為前者不需要DNA-蛋白質(zhì)交聯(lián),。此外,，與ChIP-seq相比，前者成功實驗所需的細胞計數(shù)J低,。

正常而言,，隨著出生后眼睛的發(fā)育,，提供健康血液供應的血管隨著時間的推移開始萎丨縮。結(jié)果,，眼睛中的氧氣含量穩(wěn)步下降,，造成缺氧環(huán)境。HIF1α作為一種蛋白質(zhì)復合物,，可調(diào)節(jié)身體對缺氧環(huán)境的反應,，這意味著它可以在晶狀體細胞發(fā)育和體內(nèi)平衡中發(fā)揮作用。

該實驗中收集的數(shù)據(jù)有助于建立眼晶狀體中HIF1αDNA復合物的個功能圖,，同時也強調(diào)了健康晶狀體發(fā)育對HIF1α的需求,。zui終，CUT&RUN技術(shù)的這種成功應用,，有助于接下來的大量研究,，重點是了解某些蛋白質(zhì)可能對基因表達的作用。

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