CUT&RUN實(shí)驗(yàn)可以用來分析多種蛋白的染色質(zhì)圖譜,，包括PTMs,，轉(zhuǎn)錄因子,，染色質(zhì)remodelers和染色質(zhì)writers/readers,。

如果你對(duì)這個(gè)技術(shù)不是很熟悉,，建議你從細(xì)胞類型、實(shí)驗(yàn)條件,、對(duì)照,、抗體等方面來入手。這個(gè)試劑盒它可以兼顧多種細(xì)胞類型。

對(duì)于未固定的細(xì)胞,，是研究組蛋白PTMs和轉(zhuǎn)錄因子理想的實(shí)驗(yàn)材料,。這種細(xì)胞可以有多種來源，包括貼壁,、懸浮細(xì)胞,，組織樣品。

CUT&RUN也可以用lightly-crosslinked細(xì)胞,，樣品固定一般用于研究一些染色質(zhì)瞬時(shí)作用因子和某些PTMs,。也可以提取nuclei，這種方法用于研究那些量很少的PTMs和蛋白,。另外,，當(dāng)你的實(shí)驗(yàn)材料是免疫細(xì)胞時(shí)，也推薦提取nuclei,，因?yàn)?span style="font-family: Calibri;">ConA beads可以激活某些免疫細(xì)胞,。

對(duì)照和標(biāo)準(zhǔn)化是整個(gè)實(shí)驗(yàn)的關(guān)鍵步驟。陽(yáng)性對(duì)照推薦使用H3K4me3或者H3K27me3,,；陰性對(duì)照推薦使用Rabbit IgG,。你還可以使用spike-in來進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。

在zui近的一項(xiàng)研究中,，佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)和國(guó)家糖尿病,、消化和腎臟疾病研究所的科學(xué)家們利用CUT&RUN技術(shù)建立了一個(gè)功能性全基因組圖譜，該圖譜是一種稱為缺氧誘導(dǎo)因子的蛋白質(zhì)復(fù)合物的特異性結(jié)合位點(diǎn)—HIF1α,，位于人眼的晶狀體中,。該團(tuán)隊(duì)表示選擇CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因?yàn)榍罢卟恍枰?span style="font-family: Calibri;">DNA-蛋白質(zhì)交聯(lián),。此外,，與ChIP-seq相比，前者成功實(shí)驗(yàn)所需的細(xì)胞計(jì)數(shù)J低,。

正常而言,，隨著出生后眼睛的發(fā)育,，提供健康血液供應(yīng)的血管隨著時(shí)間的推移開始萎丨縮,。結(jié)果，眼睛中的氧氣含量穩(wěn)步下降,，造成缺氧環(huán)境,。HIF1α作為一種蛋白質(zhì)復(fù)合物，可調(diào)節(jié)身體對(duì)缺氧環(huán)境的反應(yīng),，這意味著它可以在晶狀體細(xì)胞發(fā)育和體內(nèi)平衡中發(fā)揮作用,。

該實(shí)驗(yàn)中收集的數(shù)據(jù)有助于建立眼晶狀體中HIF1αDNA復(fù)合物的個(gè)功能圖，同時(shí)也強(qiáng)調(diào)了健康晶狀體發(fā)育對(duì)HIF1α的需求。zui終,，CUT&RUN技術(shù)的這種成功應(yīng)用,，有助于接下來的大量研究，重點(diǎn)是了解某些蛋白質(zhì)可能對(duì)基因表達(dá)的作用,。

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