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當(dāng)前位置:武漢艾美捷科技有限公司>>技術(shù)文章>>TERMIPol DNA聚合酶:飛行時間質(zhì)譜法SNP分析優(yōu)選
單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms,,SNP)主要指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性,是人類可遺傳的變異中常見的一種,。SNP在人類基因組中廣泛存在,,平均每500~1000個堿基對中就有1個,估計其總數(shù)可達300萬個甚至更多,。SNP在CG序列上出現(xiàn)為頻繁,,而且多是C→T。
遺傳疾病診斷,、致病候選基因研究,、藥物篩選研究、分子標(biāo)記輔助育種,、群體遺傳研究等領(lǐng)域都會涉及到SNP分型分析,。
SNP基因分型的常見方法有:
Taqman 探針法、SNaPshot法,、飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS)分型,、HRM(高分辨率熔解曲線)分型等技術(shù)平臺。其中,,基于時間飛行質(zhì)譜(MALDI-TOF)完成的SNP檢測準(zhǔn)確率可達99.9%,,除了準(zhǔn)確性高、靈活性強,、通量大,、檢測周期短等優(yōu)勢外,有吸引力的應(yīng)該還是它的性價比,。飛行時間質(zhì)譜平臺(MALDI-TOF)是通用的基因單核苷酸多態(tài)性(SNP)的研究平臺,,該方法憑借其科學(xué)性和準(zhǔn)確性已經(jīng)成為該領(lǐng)域的新標(biāo)準(zhǔn)。
為此,,我們推薦使用Solis BioDyne,,增強摻入非常規(guī)核苷酸效率的TERMIPol ® DNA聚合酶,適合用于MALDI-TOF質(zhì)譜法和其他引物延伸平臺:
TERMIPol® DNA Polymerase | 01-03-00500 | 否 |
HOT TERMIPol® DNA Polymerase | 01-06-00500 | 是 |
* 如上TERMIPol DNA聚合酶產(chǎn)品均已通過了Bruker與 Agena BioScience平臺的驗證
以Agena 平臺為例:《MassARRA系統(tǒng)》
原理:首先通過PCR擴增出含有SNP位點的一段DNA(SNP位點前后各50bp左右),,然后用SAP酶去除掉PCR 體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和引物,,然后加入一單堿基延伸引物,其3’末端堿基緊挨SNP位點,,采用四種ddNTP替代dNTP,。這樣,探針在SNP位點處僅延伸一個堿基,,連接上的ddNTP與SNP位點的等位基因?qū)?yīng),。用基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS) 檢測延伸產(chǎn)物與未延伸引物間的分子量差異,,確定該點處堿基。
實驗流程如下:
1.PCR擴增含有目的SNP 的DNA序列,,并通過純化去除未結(jié)合的dNTPs
2.iPLEX單堿基延伸:純化后的PCR產(chǎn)物,,針對每個靶點SNP設(shè)計一條延伸引物,在以ddNTPs為底物的體系中進行單堿基延伸,,每個SNP的等位基因延伸產(chǎn)物僅為末端一個堿基的差異,。
3.純化,并將產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到SpectroCHIP芯片上,,進行質(zhì)譜檢測,,同一個SNP的等位基因由于分子量不同,形成不同的檢測峰而被區(qū)分,。
Solis BioDyne的TERMIPol® DNA Polymerase將會用于上圖中的單核苷酸延伸中
已發(fā)表文章:
【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .
【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .
【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 . 【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.
除了上述的的分子診斷神器,,Solis BioDyne為客戶提供終點PCR(end-point PCR),qPCR(real-time PCR),,反轉(zhuǎn)錄PCR(Reverse transcription),,以及其它PCR所需的配套試劑。產(chǎn)品線縱覽圖如下:
Solis BioDyne來源于歐盟-愛沙尼亞共和國,,自1995年以來,,Solis BioDyne一直致力于開發(fā)和生產(chǎn)高品質(zhì)的生命科學(xué)試劑,現(xiàn)已成為當(dāng)今歐洲的試劑供應(yīng)商之一,。高標(biāo)準(zhǔn)的生產(chǎn)標(biāo)準(zhǔn)和服務(wù)使Solis BioDyne成為值得信賴的shouxuanPCR供應(yīng)商,。我們的DNA聚合酶,PCR Master Mixes,,qPCR Mixes和其它試劑被110多個國家的研究者所使用,,包括dingji研究機構(gòu)和生物技術(shù)公司,。
擁有dujia的蛋白質(zhì)穩(wěn)定技術(shù)zhuanli,確保其PCR酶與PCR Mixes產(chǎn)品具有*的穩(wěn)定性,,研究者可以常溫運輸以及常溫下配置PCR反應(yīng)體系(無需冰盒),。即使是室溫放置30天,其酶活性也沒有損耗,。 作為Solis BioDyne在中國的區(qū)域總代理,,艾美捷科技有限公司將為中國客戶提供全面的Solis BioDyne產(chǎn)品以及訂制服務(wù)。
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