離子阱質(zhì)譜儀是分離和檢測不同同位素的儀器,。儀器的主要裝置放在真空中,。將物質(zhì)氣化、電離成離子束,，經(jīng)電壓加速和聚焦,，然后通過磁場電場區(qū)，不同質(zhì)量的離子受到磁場電場的偏轉(zhuǎn)不同,，聚焦在不同的位置,，從而獲得不同同位素的質(zhì)量譜。
離子阱質(zhì)譜儀的功能簡介：
1,、可升級的電子轉(zhuǎn)移裂解模塊可以提供傳統(tǒng)裂解方法無法得到的蛋白質(zhì)翻譯后修飾信息,；
2、脈沖碰撞能量誘導(dǎo)解離功能可以提供低質(zhì)量端碎片離子信息,；
3,、高選擇MS/MS分析給譜圖在數(shù)據(jù)庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結(jié)構(gòu)確證的可靠性,。另外快速極性切換,，母離子相關(guān)MS3數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進(jìn)行智能,、快速分析,，還可以和回旋共振質(zhì)譜組合成的多級高分辨雜交質(zhì)譜儀；
4,、自動數(shù)據(jù)依賴性多級質(zhì)譜采集技術(shù)不僅為用戶提供預(yù)測代謝物結(jié)構(gòu)信息,，也能提供未預(yù)測到的代謝物結(jié)構(gòu)信息。此外使用自動固定中性丟失數(shù)據(jù)依賴性掃描觸發(fā)三級質(zhì)譜掃描能檢測某一類的代謝物,。使用分析軟件增強(qiáng)復(fù)雜基質(zhì)中代謝物篩選和鑒別功能,，使譜圖解析更簡便。
離子阱質(zhì)譜儀的優(yōu)點：
1,、結(jié)構(gòu)簡單,，體積小，容易抽真空,，所以便攜式質(zhì)譜會采用離子阱,。
2,、由于離子阱可以將某個離子限制在阱里面做軌道運動,，所以可以對這個離子做二次碎裂（一般做法是加入氦氣，讓氦氣分子和離子進(jìn)行碰撞碎裂），對二次碎裂后產(chǎn)生的碎片離子再進(jìn)行碎裂,，產(chǎn)生三級碎片,，這個叫做多級質(zhì)譜。
離子阱比較容易實現(xiàn)多級質(zhì)譜,，所以對某個特點物質(zhì)的定性,，多級質(zhì)譜是個很有用的工具。
當(dāng)然多級質(zhì)譜也有很多局限,，很多化合物在阱里面不一定能被二次碎裂,，即打不碎，而且離子阱碎片有三分之一效應(yīng),，即質(zhì)荷比是母離子1/3以下的碎片都觀察不到,，對定性結(jié)論造成不確定性，所以多級質(zhì)譜存在打不碎或者看不到的問題,。
多級質(zhì)譜適合對某一個或者幾個化合物的分子進(jìn)行定性研究,，要對上百種VOC化合物進(jìn)行多級質(zhì)譜顯然很不現(xiàn)實。
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