線性離子阱質(zhì)譜儀的設計和操作與三重四極桿質(zhì)譜儀有很大的不同。離子阱收集和儲存離子,，然后對其進行質(zhì)譜分析,，而三重四分桿是在肽離子通過分析儀時對其進行質(zhì)譜分析,。該分析儀的設計非常簡單。來自離子源的離子被引導到離子阱中,，離子阱由頂部和底部電極和中間的環(huán)形電極組成,。這個陷阱本身只有葡萄柚那么大,。陷阱中收集的離子通過直流和射頻電壓的組合保持在陷阱內(nèi)的軌道上,。
以少量氦作為“冷卻氣體”，以幫助控制離子的能量分布,。在全掃描模式下,，對電極上的射頻電壓進行分級或掃描，根據(jù)其m/z值順序噴射離子,。
線性離子阱質(zhì)譜儀的功能簡介：
1,、可升級的電子轉(zhuǎn)移裂解模塊可以提供傳統(tǒng)裂解方法無法得到的蛋白質(zhì)翻譯后修飾信息；
2,、脈沖碰撞能量誘導解離功能可以提供低質(zhì)量端碎片離子信息,；
3、選擇MS/MS分析給譜圖在數(shù)據(jù)庫和譜庫檢索更好的匹配,，提高了結(jié)構(gòu)確證的可靠性,。另外快速極性切換，母離子相關MS3數(shù)據(jù)關聯(lián)掃描,，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能,、快速分析，還可以和回旋共振質(zhì)譜組合成的質(zhì)譜儀,；
4,、自動數(shù)據(jù)依賴性多級質(zhì)譜采集技術(shù)不僅為用戶提供預測代謝物（母離子列表）結(jié)構(gòu)信息，也能提供未預測到的代謝物結(jié)構(gòu)信息,。此外使用自動固定中性丟失數(shù)據(jù)依賴性掃描觸發(fā)三級質(zhì)譜掃描能檢測某一類的代謝物,。使用MetworksTM和MassFrontier分析軟件增強復雜基質(zhì)中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便,。
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