島津氣相色譜的分離原理是利用要分離的諸組分在流動(dòng)相和固定相兩相間的分配有差異,，當(dāng)兩相作相對運(yùn)動(dòng)時(shí),，這些組分在兩相間的分配反復(fù)進(jìn)行，從幾千次到數(shù)百萬次,，即使組分的分配系數(shù)只有微小的差異,，隨著流動(dòng)相的移動(dòng)可以有明顯的差距，使這些組分得到分離,。
島津氣相色譜當(dāng)樣品進(jìn)入色譜柱頭以后,，流動(dòng)相把樣品帶入色譜柱內(nèi)，剛進(jìn)入柱子時(shí),，組分A和B以混合譜帶出現(xiàn)。
由于各組分在固定相中的溶解-解析,、或吸附-脫附,、或其他親和作用力的差異，各組分在色譜柱中的滯留時(shí)間也就不同,，即它們在柱中的運(yùn)行速度不同,。隨著流動(dòng)相的不斷流過，組分在柱中兩相間經(jīng)過了反復(fù)多次的分配和平衡過程,，當(dāng)運(yùn)行一定的柱長以后,，樣品中各組分得到了分離。當(dāng)組分A離開色譜柱出口流過檢測器時(shí),，記錄設(shè)備就記錄出組分A的色譜峰,；繼之當(dāng)組分B離開色譜柱流過檢測器時(shí)，記錄設(shè)備就記錄出組分B的色譜峰,。
由于島津氣相色譜柱中存在著渦流擴(kuò)散,、分子擴(kuò)散（縱向擴(kuò)散）,、傳質(zhì)阻力以及其他因素的作用，使得所記錄的色譜峰并不是以一條矩形的譜帶出現(xiàn),，而是一條接近高斯分布曲線的色譜峰,。
島津氣相色譜在石油化工、醫(yī)藥衛(wèi)生,、環(huán)境監(jiān)測,、生物化學(xué)等領(lǐng)域都得到了廣泛的應(yīng)用
1．在衛(wèi)生檢驗(yàn)中的應(yīng)用
空氣、水中污染物如揮發(fā)性有機(jī)物,、多環(huán)芳烴[苯,、甲苯、苯并（a）比等],；農(nóng)作物中殘留有機(jī)氯,、有機(jī)磷農(nóng)藥等；食品添加劑苯甲酸等,；體液和組織等生物材料的分析如氨基酸,、脂肪酸、維生素等,。
2．在醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中的應(yīng)用
體液和組織等生物材料的分析：如脂肪酸,、甘油三酯、維生素,、糖類等,。
3. 在藥物分析中的應(yīng)用
抗癲癇藥、中成藥中揮發(fā)性成分,、生物堿類藥品的測定等,。
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