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基質構成固定相的骨架,，親和層析的基質應該具有以下一些性質：

　　一,、.具有較好的物理化學穩(wěn)定性,。在與配體偶聯(lián)、層析過程中配體與待分離物結合,、以及洗脫時的pH,、離子強度等條件下,，基質的性質都沒有明顯的改變。

　　二,、.能夠和配體穩(wěn)定的結合。親和層析的基質應具有較多的化學活性基團,，通過一定的化學處理能夠與配體穩(wěn)定的共價結合,，并且結合后不改變基質和配體的基本性質,。

　　三、.基質的結構應是均勻的多孔網狀結構,。以使被分離的生物分子能夠均勻,、穩(wěn)定的通透,，并充分與配體結合?；|的孔徑過小會增加基質的排阻效應，使被分離物與配體結合的機率下降,，降低親和層析的吸附容量,。所以一般來說,，多選擇較大孔徑的基質，以使待分離物有充分的空間與配體結合,。

　　四、.基質本身與樣品中的各個組分均沒有明顯的非特異性吸附,，不影響配體與待分離物的結合,?；|應具有較好的親水性,，以使生物分子易于靠近并與配體作用。

　　一般纖維素以及交聯(lián)葡聚糖,、瓊脂糖,、聚丙烯酰胺,、多孔玻璃珠等用于凝膠排阻層析的凝膠都可以作為親和層析的基質，其中以瓊脂糖凝膠應用廣泛,。纖維素價格低，可利用的活性基團較多,，但它對蛋白質等生物分子可能有明顯的非特異性吸附作用,，另外它的穩(wěn)定性和均一性也較差,。交聯(lián)葡聚糖和聚丙烯酰胺的物理化學穩(wěn)定性較好，但它們的孔徑相對比較小,，而且孔徑的穩(wěn)定性不好,，可能會在與配體偶聯(lián)時有較大的降低,，不利待分離物與配體充分結合，只有大孔徑型號凝膠可以用于親和層析,。多孔玻璃珠的特點是機械強度好，化學穩(wěn)定性好,。但它可利用的活性基團較少，對蛋白質等生物分子也有較強的吸附作用,。瓊脂糖凝膠則基本可以較好的滿足上述四個條件,，它具有非特異性吸附低,、穩(wěn)定性好、孔徑均勻適當,、宜于活化等優(yōu)點,，因此得到了廣泛的應用。瓊脂糖凝膠微球的商品名為Sepharose,，含糖濃度為二、%,、四,、%,、6%時分別稱為二、B,、四、B、6B,。因為Sepharose 四、B的結構比6B疏松,，而吸附容量比二、B大,，所以四、B應用