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微生物菌種通過(guò)代謝過(guò)程中氧氣和二氧化碳的交換以及分泌的有機(jī)酸等酸性物質(zhì)，促進(jìn)土壤中微量元素的釋放及螯合,，有效打破土壤板結(jié),，促進(jìn)團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成，并能改善土壤的通氣狀況,，促進(jìn)有機(jī)質(zhì),、腐殖酸和腐殖質(zhì)的生成。對(duì)應(yīng)于當(dāng)前土壤中出現(xiàn)的通透性不強(qiáng),、保水保肥性 差,、地力差等問(wèn)題，正是受土壤中的團(tuán)粒結(jié)構(gòu),、有機(jī)質(zhì),、腐殖酸和腐殖質(zhì)的影響，而這些物質(zhì)的形成又受土壤中微生物的作用,。
微生物在土壤中物質(zhì)和能量的輸入輸出中扮演著非常重要的角色,，微生物菌種是物質(zhì)循環(huán)鏈上的重要環(huán)節(jié),。它能夠活化土壤有機(jī)與無(wú)機(jī)養(yǎng)分，分解有機(jī)物,，釋放養(yǎng)分,，增加養(yǎng)分的有效性。對(duì)應(yīng)于當(dāng)前土壤中出現(xiàn)的板結(jié),、酸化,、鹽漬化、土壤貧瘠,、地力衰竭等問(wèn)題,，這些問(wèn)題出現(xiàn)的原因是肥料在土 壤中長(zhǎng)期積累、殘存,、得不到有效分解和營(yíng)養(yǎng)轉(zhuǎn)化,，養(yǎng)分的釋放和轉(zhuǎn)化正是靠微生物。
微生物在其繁殖和代謝過(guò)程中,，可以降解土壤中殘留的化肥,、有機(jī)農(nóng)藥、重金屬和其他污染物等,，在其理化反應(yīng)中對(duì)上述污染物質(zhì)進(jìn)行分解,、轉(zhuǎn)化、固定,、轉(zhuǎn)移以及新的無(wú)害化合成,，把他們分解成低害甚至無(wú)害的物質(zhì)，降低土壤污染的程度,。
此外,，土壤中的微生物，例如抗生性微生物,，它們能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖,，微生物菌種這樣就可以防治和減少土壤中土傳微生物對(duì)作物的危害,，提高作物品質(zhì)和產(chǎn)量。