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菌種培養(yǎng)表明腸道微生物組在組成和功能上具有節(jié)律性振蕩的特點,。然而,，尚不清楚微生物群和宿主之間晝夜節(jié)律是如何關聯(lián)的,。Thaiss等人在小鼠中發(fā)現(xiàn)腸道微生物的生物地理學和代謝活動晝夜節(jié)律的變化可以影響宿主腸道和肝臟的生理功能,。
為闡明腸道微生物晝夜性節(jié)律變化,，作者對小鼠進行了研究。讓小鼠暴露于黑暗中12個小時,，然后暴露在光線中12個小時,，循環(huán)多次。結果發(fā)現(xiàn)在結腸細菌生物地理學方面出現(xiàn)實質性變化,，特別是在光照期間上皮粘液層中的細菌數(shù)量減少,，并且在黑暗期間具有zui高的數(shù)量。一些物種（如典型的粘液性細菌Mucispirillumschaedleri）在上皮粘附方面出現(xiàn)較大的變化,。
為了評估微生物群振蕩對宿主的影響,，作者研究了宿主轉錄組和表觀基因組的節(jié)律性。使用抗生素和無菌處理的小鼠在宿主腸道中的轉錄組和表觀基因組的分布發(fā)生顯著變化,。出乎意料的是,，在微生物耗盡之后，菌種培養(yǎng)參與代謝平衡的基因和通路重新獲得節(jié)律性,，因此作者提出以下假設：宿主重新獲得振蕩功能以彌補腸道微生物組的缺失,。可以通過克隆無菌小鼠進行驗證,。小鼠含有來自小鼠和大鼠的段絲狀細菌體建群來證實,。其中，前者表現(xiàn)出鼠腸上皮的粘附性獲得強化,。只有表現(xiàn)出節(jié)律性上皮組織粘附的細菌才能夠影響轉錄宿主振蕩的編程,。
此外，轉錄節(jié)律不僅在腸內表現(xiàn)局部差異,，通過與未經(jīng)治療的對照組比較相,，肝細胞在抗生素治療和無菌小鼠中也表現(xiàn)出不同的晝夜轉錄組的變化。作者提出以下假設：即這可能是由于腸道微生物組的代謝產(chǎn)物節(jié)律變化的結果。事實上,，很多類型的代謝物,，包括氨基酸和多胺，在腸和血清中均出現(xiàn)晝夜節(jié)律性振蕩,，并且這些振蕩在使用抗生素治療之后或是在無菌小鼠中被消除,。顯著的情況是，在喂食多胺缺乏的食物的小鼠中,，聚合物胺和氨基酸不再表現(xiàn)出振蕩豐度,，同時肝臟晝夜轉錄組被重新編程以進行補償。這意味著腸道微生物群菌種培養(yǎng)有助于維持宿主的代謝組節(jié)律,。