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1．菌種培養(yǎng)待鑒定的菌種一定是純種
如果菌種不純,，所觀察到的現(xiàn)象則是混合現(xiàn)象,，這樣自然不會得到正確的結(jié)果,。因此在鑒定之前,，首先要將菌種純化。 純化方法,，一般有2種：平板劃線單菌落分離法和單細(xì)胞分離法,。前一種操作簡便，效果良好,，適用范圍廣,。 
2．菌種培養(yǎng)要有合適的鑒定方法
微生物種類繁多，特征各異,，性狀有主次之分,。因此，在鑒定某種微生物時,，要選用合適的鑒定方法,，確定主要的測試項目。 例如,，鑒定的微生物若是霉菌,，則菌落形態(tài)觀察十分重要； 若是酵母菌,，有性繁殖的方式、特征以及生理生化特征中的糖的發(fā)酵和同化,，硝酸鹽的同化就是主要指標(biāo),。3．菌種培養(yǎng)選一本比較好的鑒定手冊
鑒定時以此手冊為標(biāo)準(zhǔn)，開展鑒定工作,。根據(jù)多數(shù)人的經(jīng)驗,，我們認(rèn)為在細(xì)菌鑒定方面，使用《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊》一書較為合適,。
在放線菌鑒定方面,，可以參看中科院微生物研究所編著的《鏈霉菌鑒定手冊》（1975年）一書。
真菌的鑒定可參看中科院微生物研究所編著的《常見與常用真菌》（1973年）一書,。荷蘭羅德的《酵母的分類研究》（1970年）一書,，對酵母菌的分類有很大的實用價值。