高內涵表型分析越來越廣泛應用于許多的研究領域,，包括基因功能研究,、藥物研發(fā)和毒理學,。這種方法的優(yōu)點是非?？陀^的從單細水平獲取多維的信息,，能夠對單個細胞的狀態(tài)進行分析和描述，并與總體分析數據進行比較,。而許多傳統(tǒng)的表型分析則是在要研究的通路中,，只主觀選取少數幾個重要的指標來分析 1。 因此,，在傳統(tǒng)的表型分析中,，大多數因實驗處理導致的生物相關的變化容易被忽略掉。
一個細胞的表型分析是由成千上萬個表征細胞狀態(tài)的可量化指標組成的,。這些指標包含從生物標識物表達,、結構和分布抽提出來的信息。通常,，這些標記是細胞器特異性識別的,，并提供有關其結構、空間上與其他亞細胞結構的關系的信息。這些細胞的分類信息能夠在研究化合物,、小分子物質或基因擾動時提供客戶有效的分析依據,。具有相似作用機制的化合物 (MOA) 常常導致相似的細胞形態(tài)變化。因此,，表型譜之間的比較可以為新化合物的 MOA 提供依據 3,。同樣地，同一途徑中的遺傳干擾常常導致相似的表型譜,，這說明表型譜可用于高通量功能基因組學研究 7,。