環(huán)狀(circRNA)是一類特殊的共價(jià)閉環(huán)RNA分子,,在調(diào)控生理和病理進(jìn)程中,,通過不同的機(jī)理發(fā)揮著重要作用。傳統(tǒng)上,,circRNA被認(rèn)為是一種非編碼RNA(ncRNA),。2014年,在北卡羅來納大學(xué)報(bào)導(dǎo)了環(huán)形RNA在細(xì)胞內(nèi)可通過非帽依賴的機(jī)理來翻譯蛋白,,人們認(rèn)識到circRNA也具有編碼與表達(dá)蛋白的能力,。此后,隨著體外環(huán)化技術(shù)的發(fā)展,,比線性mRNA穩(wěn)定性更強(qiáng)的合成circRNA成為mRNA治療領(lǐng)域備受關(guān)注的新技術(shù),,有望以mRNA藥物相似的遞送方法,實(shí)現(xiàn)疾病的治療,。
圖1 環(huán)狀RNA結(jié)構(gòu)
一,、circRNA的特點(diǎn)
1、強(qiáng)穩(wěn)定性:與線性RNA相比,,circRNA的主要優(yōu)勢就是其環(huán)狀結(jié)構(gòu)提高了穩(wěn)定性,。因?yàn)閏ircRNA中5’和3’末端的缺失使其具有外切酶抗性,,不能通過典型的RNA降解途徑降解,需要通過核酸內(nèi)切酶線性化后將其降解(圖2,,a-c),,因此,,具有更高的體內(nèi)穩(wěn)定性,,半衰期更長。
圖2 circRNA的降解和翻譯
2,、非帽依賴性翻譯:大多數(shù)真核生物mRNA的翻譯起始于5’端,,以典型的帽(7GpppN)依賴方式進(jìn)行(圖2,d),,由于步驟復(fù)雜且需要招募較多起始因子,,該過程具有高能量消耗的特點(diǎn),因此,,當(dāng)機(jī)體處于病毒感染或疾病等細(xì)胞應(yīng)激的不利條件下,,該典型翻譯起始將被整體抑制,以確保細(xì)胞響應(yīng)應(yīng)激并存活,。那么當(dāng)?shù)湫头g機(jī)制下調(diào)時(shí),,維持細(xì)胞生存所需要的關(guān)鍵蛋白的產(chǎn)生就需要另一套非典型翻譯機(jī)制,即非帽依賴性翻譯—通過內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)(IRES)來驅(qū)動(dòng),,而這種非帽機(jī)制正適合無5’端的circRNA,,已知IRES是circRNA主要的翻譯方式。換言之,,在疾病治療過程中,,當(dāng)機(jī)體處于ER應(yīng)激、遺傳毒性應(yīng)激,、缺氧,、營養(yǎng)剝奪、體溫過低,、體溫過高或感染狀態(tài)下,,帽依賴性翻譯起始被抑制,線性mRNA無法有效翻譯,,基于mRNA的藥物療效降低,,而circRNA可憑借非帽依賴性翻譯的機(jī)制優(yōu)勢,保證蛋白質(zhì)的正常翻譯,,保證藥物療效,。
3、多順反子表達(dá):多順反子表達(dá)是指從單個(gè)mRNA分子中翻譯兩個(gè)或多個(gè)獨(dú)立的基因,。對于多順反子線性mRNA,,5’cap比IRES的表達(dá)更高,,導(dǎo)致蛋白表達(dá)比例不均。而對于circRNA,,通過引入多個(gè)IRES-ORF,,有可能達(dá)到接近化學(xué)計(jì)量的多順反子表達(dá),因?yàn)樗芯幋a的蛋白質(zhì)都具有相同的翻譯起始機(jī)制,。雖然這一點(diǎn)尚未得到證實(shí),,但circRNA的多順反子表達(dá)可能有益于多組分蛋白質(zhì)療法,其中蛋白質(zhì)復(fù)合物組分的受控比例至關(guān)重要,。
4,、免疫原性低:線性RNA通過病原體識別受體(如RIG-I、TLR3,、TLR7,、TLR8等)刺激先天免疫,導(dǎo)致干擾素反應(yīng),,進(jìn)而對其翻譯及應(yīng)用造成了負(fù)面影響,;而純的circRNA并不存在RIG-I、TLR3,、 TLR7及TLR8的識別序列,,這種“免疫沉默(immunosilent)"可以使其更有效地表達(dá)蛋白質(zhì),而沒有抑制性干擾素反應(yīng),。此外,,先天免疫系統(tǒng)激活減少限制了樹突狀細(xì)胞的活化和成熟,有助于防止對編碼的治療蛋白產(chǎn)生免疫力,。
二,、circRNA的應(yīng)用
1、蛋白質(zhì)替代療法
蛋白質(zhì)替代療法的目的是恢復(fù)那些缺失或有缺陷的蛋白質(zhì)功能,,通常是由基因突變導(dǎo)致,。采用mRNA治療內(nèi)源蛋白缺失已應(yīng)用于多種疾病
相對于mRNA,circRNA在蛋白替代療法的應(yīng)用中具有諸多優(yōu)勢,,如結(jié)構(gòu)具有更高的穩(wěn)定性,,蛋白質(zhì)表達(dá)時(shí)間更長;具有與線性RNA相似的蛋白表達(dá)峰值,,但下降率較低,。這些優(yōu)勢使得circRNA可以產(chǎn)生較高的蛋白質(zhì)累積并持續(xù)較長時(shí)間;減少給藥頻率,,且免疫原性較低,。
2、疫苗
mRNA疫苗具有高效,、研發(fā)周期短,、模塊化生產(chǎn),、低成本等優(yōu)勢,已是通用的疫苗種類,,尤其在應(yīng)對新冠等突發(fā)流行病,,其極快的研發(fā)制造能力,優(yōu)勢極為顯著,。同時(shí),,在面對病毒變異方面,多價(jià)mRNA疫苗的易得性可及時(shí)提供針對多種病原體的保護(hù),,意義重大,。
另外,,mRNA疫苗的自佐劑效應(yīng)也為疫苗保護(hù)性免疫的誘導(dǎo)提供了支持,。在機(jī)制上,mRNA會(huì)引起與病毒免疫相關(guān)的Th1偏向免疫應(yīng)答,,誘導(dǎo)對T細(xì)胞擴(kuò)增和免疫記憶形成至關(guān)重要的I型干擾素反應(yīng),,對病毒預(yù)防極有幫助。不過該機(jī)制同時(shí)也限制了mRNA的帽依賴性翻譯起始,,影響表達(dá)效率,。那么circRNA所使用的非帽依賴性起始機(jī)制,例如不受干擾素抑制的IRES,,是一種有吸引力的替代方案,。在保持circRNA抗原表達(dá)穩(wěn)定的同時(shí),更有效地誘導(dǎo)干擾素反應(yīng),,可能會(huì)進(jìn)一步增強(qiáng)疫苗的保護(hù)作用,。
疫苗接種的目標(biāo)是誘導(dǎo)強(qiáng)烈的適應(yīng)性免疫反應(yīng)和長期免疫記憶。適應(yīng)性免疫記憶的誘導(dǎo)部分取決于抗原暴露的持續(xù)時(shí)間,。因此,,RNA編碼抗原的長期表達(dá)可以更有效地引發(fā)具有持久免疫記憶的免疫反應(yīng) 。與mRNA相比,,circRNA固有的穩(wěn)定性延長了蛋白質(zhì)翻譯的時(shí)間,,增加了體內(nèi)的蛋白質(zhì)產(chǎn)量,長期表達(dá)抗原可以更有效地誘導(dǎo)具有持久免疫記憶的免疫反應(yīng),。
3,、癌癥免疫療法
癌癥免疫治療采用機(jī)體免疫的作用成分如細(xì)胞因子、抗體和免疫細(xì)胞等進(jìn)行癌癥的治療,?;赗NA的免疫治療可以通過將癌癥新抗原編碼為疫苗、免疫刺激細(xì)胞因子,、抗體和免疫細(xì)胞受體實(shí)現(xiàn),,具有靈活性及多功能性,。此外,還可以通過非病毒載體以mRNA直接轉(zhuǎn)染T細(xì)胞,,在體原位生產(chǎn)CAR-T細(xì)胞,,避免了傳統(tǒng)CAR-T細(xì)胞制造的缺點(diǎn)。
circRNA在癌癥免疫治療中有幾個(gè)優(yōu)勢:
1)與mRNA相同,,circRNA既可應(yīng)用于腫瘤個(gè)性化治療,,也可同時(shí)編碼多種新抗原,降低癌癥逃逸和復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn),。對于精準(zhǔn)細(xì)胞治療,,可以通過改變編碼序列輕松定制嵌合抗原受體的circRNA編碼,并定制以靶向不同類型的癌癥進(jìn)行精準(zhǔn)癌癥免疫治療,;
2)circRNA的穩(wěn)定性強(qiáng),,可以保證抗原蛋白的穩(wěn)定表達(dá);circRNA癌癥疫苗可以延長抗原呈遞,,獲得更強(qiáng)的免疫反應(yīng),;增加免疫刺激蛋白,如細(xì)胞因子和小抗體片段的表達(dá)時(shí)間,,可以更好地將免疫細(xì)胞招募到腫瘤部位,;
3)早期研究表明,修飾mRNA的低免疫原性對腫瘤中的蛋白質(zhì)表達(dá)很重要,,因此circRNA固有的較低免疫原性對于腫瘤內(nèi)免疫刺激蛋白表達(dá)更具優(yōu)勢,。未修飾的RNA激活先天免疫系統(tǒng)將降低抗體表達(dá),阻止適應(yīng)性免疫細(xì)胞有效募集到腫瘤中,;
4)由于IRES啟動(dòng)的非帽依賴性翻譯既可適應(yīng)各種復(fù)雜的腫瘤環(huán)境,,也可抵抗癌細(xì)胞減緩蛋白翻譯并逃逸細(xì)胞因子或抗體免疫治療機(jī)制,增加了不同癌癥治療的一致性,。
4,、基因編輯
在基因編輯方面,基于circRNA的穩(wěn)定性,,首先可應(yīng)用于小的RNA組分,,比如向?qū)NA(adRNA/gRNA),因?yàn)樵诨蚓庉嬒到y(tǒng)中的向?qū)NA是最脆弱的,,很容易被核酸酶降解,;其次,circRNA也有望用于編碼基于蛋白質(zhì)的編輯器以進(jìn)行基因編輯,。與mRNA相比,,circRNA提供的穩(wěn)定性和穩(wěn)健表達(dá)可以使Cas9蛋白的持久性更長,增加的蛋白表達(dá)可能會(huì)顯著提高基因編輯效率。
在ADARs介導(dǎo)的RNA編輯中,,2019年,,北京大學(xué)魏文勝課題組曾研發(fā)出了借助gRNA募集ADAR實(shí)現(xiàn)RNA精準(zhǔn)編輯的新策略[1]:LEAPER™。LEAPER™通過在細(xì)胞中表達(dá)短工程化的ADAR募集RNA(ADAR-recruiting RNA,,arRNA)來完成ADAR的招募以及RNA編輯,,由于這種技術(shù)彼時(shí)尚不成熟,具有一定長度的arRNA可能引起鄰近的堿基的脫靶編輯,。2022年,,魏文勝課題組推出了LEAPER™的升級版本—— LEAPER™ 2.0,設(shè)計(jì)并運(yùn)用了可招募ADAR的環(huán)形RNA(circular ARAR-recruiting RNA,,circ-arRNA)[2],,通過AAV遞送,遺傳編碼的circ-arRNA可以在人的原代細(xì)胞和類器官中實(shí)現(xiàn)長時(shí)程的RNA編輯,,這種可避免核酸外切酶切割的環(huán)狀RNA進(jìn)一步提升了體外和體內(nèi)編輯的效率和精準(zhǔn)性,,基本清除了雙鏈RNA區(qū)域內(nèi)目標(biāo)轉(zhuǎn)錄本上的脫靶。
5,、非編碼環(huán)狀RNA治療
circRNA在細(xì)胞內(nèi)具有內(nèi)源性非編碼功能,,如miRNA和RNA結(jié)合蛋白海綿功能。circRNA作為調(diào)控RNA,,具有作為miRNA和RNA結(jié)合蛋白的競爭性抑制劑從而進(jìn)行治療的潛力。不過目前已有研究都處于體外實(shí)驗(yàn)階段,,尚未有體內(nèi)數(shù)據(jù),,不過受限于遞送問題,體內(nèi)模型可能也難以實(shí)現(xiàn),。
circRNA是共價(jià)封閉的,、高度穩(wěn)定的RNA形式,具有巨大的治療應(yīng)用潛力,。與線性蛋白相比,,circRNA具有穩(wěn)定性和蛋白質(zhì)表達(dá)增強(qiáng)的能力等優(yōu)點(diǎn),在疫苗開發(fā),、癌癥免疫治療,、蛋白質(zhì)替代治療和基因編輯方面有著廣闊的可應(yīng)用空間??傊甤ircRNA在基于RNA的藥物領(lǐng)域是一種有潛力的RNA形式,,有望更新個(gè)性化治療手段。
參考文獻(xiàn)
[1]Yi, Z., Zhu, S., et al. (2019). Programmable RNA editing by recruiting endogenous ADAR using engineered RNAs. Nature biotechnology, 37(9), 1059–1069.
[2] Yi, Z., Qu, L., Tang, H. et al. Engineered circular ADAR-recruiting RNAs increase the efficiency and fidelity of RNA editing in vitro and in vivo. Nat Biotechnol 40, 946–955 (2022).
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