一,、產(chǎn)物直接純化
PCR擴(kuò)增完成后需要進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),,在條帶單一無(wú)其他雜帶的情況下,可以直接對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行純化,,常見(jiàn)的純化方法有:
1,、硅膠層析柱法
原理:大多數(shù)離心柱中吸附DNA的是一層硅膠膜,實(shí)際上就是一層玻璃纖維,,其表面有大量修飾的硅羥基(Si-OH),,硅羥基在溶液中解離后帶負(fù)電,然后與帶正電鹽離子,、帶負(fù)電DNA形成電橋,,從而吸附住DNA,使得DNA雙鏈變單鏈,,不會(huì)被生物大分子溶劑洗脫,,但能經(jīng)水溶性緩沖液水化后,被定量回收,,從而實(shí)現(xiàn)純化分離,。
圖1 硅膠層析原理示意圖
圖2 硅膠層析流程簡(jiǎn)圖
2、磁珠法(abs60151)
原理:磁珠是有磁性的能吸附DNA的物質(zhì),,其內(nèi)部核心是鐵離子,在磁場(chǎng)作用下可以吸附在磁體上,。在核心外,,經(jīng)過(guò)羧化,帶有羧基基團(tuán),,在特定的離子條件下,,可以與DNA結(jié)合。結(jié)合后,,在外磁場(chǎng)的作用下,,磁珠與DNA結(jié)合體移動(dòng)到磁體周?chē)梢院芊奖闳コ渌嘤嗟囊后w,,這時(shí),,不能與磁珠結(jié)合的所有雜質(zhì)都隨水溶液一并去除。然后,,在洗脫條件下,,DNA與磁珠分離,溶解在水中,,將溶解有DNA的溶液轉(zhuǎn)移,,就得到了純化后的DNA樣本,。
圖3 磁珠法結(jié)構(gòu)示意圖
圖4 磁珠法純化DNA流程簡(jiǎn)圖
3、其他純化方法
①滲透液結(jié)合醇沉純化
原理:利用分子大小不同,,小分子的物質(zhì)能夠通過(guò)滲透膜溶解到大量的溶液中去,,而大分子的物質(zhì)不能通過(guò)滲透膜,所以繼續(xù)留存在透析袋中,,通過(guò)乙醇沉淀最后達(dá)到去除小分子物質(zhì),,得到純化的有機(jī)大分子的效果。
②直接沉淀純化
原理:DNA分子在高鹽離子醇溶液中會(huì)被沉淀出來(lái),,而其他物質(zhì)繼續(xù)溶液在溶液中,,沉淀出來(lái)的DNA分子經(jīng)過(guò)離心與溶液成分分開(kāi),達(dá)到純化的目的,。
不同純化方法對(duì)比
純化方法 | 硅膠層析柱法 | 磁珠法 | 滲透液純化 | 沉淀純化 |
純化介質(zhì) | 硅膠膜 | 磁珠 | 滲透膜 | 乙醇/異丙醇 |
優(yōu)勢(shì) | 操作簡(jiǎn)便,、快速、安全,,產(chǎn)物純度高隨時(shí)用于下游實(shí)驗(yàn) | 產(chǎn)物純度高,;通量高,可實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化,;操作簡(jiǎn)便,、快速、安全,;高靈敏度 | 樣本處理體積靈活,,產(chǎn)量高,成本低 | |
劣勢(shì) | 存在堵柱風(fēng)險(xiǎn),;對(duì)樣本起始量有限制,;難以實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化操作,大批量處理費(fèi)時(shí)費(fèi)力,;小于100bp的DNA段難以吸附 | 需要搭配磁力架或者儀器使用,,成本較高;部分DNA難以被抓取導(dǎo)致回收率低,;小于100bp的DNA段難以吸附 | 安全性低,,無(wú)法進(jìn)行高通量提取、純度較低 | |
選擇依據(jù) | 樣本起始量較充足,,但數(shù)量不多,,需要操作簡(jiǎn)便省時(shí),且提取出的DNA能用于絕大多數(shù)下游實(shí)驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)室 | 下游需要高純度的DNA,,需要大批量處理,,能夠支持自動(dòng)化提取的實(shí)驗(yàn)室 | 時(shí)間充足,樣本量充足,,想節(jié)省成本的實(shí)驗(yàn)室 |
二,、凝膠回收純化
如電泳檢測(cè)結(jié)果存在非特異性條帶,,則需要將目的條帶切出來(lái),再用膠回收試劑盒(abs60098)對(duì)凝膠進(jìn)行回收純化,,相較于直接純化,,只是多了一步溶膠的過(guò)程,相應(yīng)的產(chǎn)物純度提高,,回收率則下降,。
結(jié)語(yǔ):
在PCR擴(kuò)增完成后,反應(yīng)體系中除了DNA段,,還存在離子,、dNTP、引物及聚合酶等物質(zhì),,這些物質(zhì)會(huì)影響后續(xù)克隆測(cè)序等實(shí)驗(yàn),,因此對(duì)其產(chǎn)物進(jìn)行純化是必*步驟,不同的純化手段各有自己的優(yōu)缺點(diǎn),,老師們可以根據(jù)自己的需求選擇適合自己的方法,。
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