梯度凝膠電泳不是在單一濃度（孔徑）的凝膠上進(jìn)行,，而是形成梯度凝膠,。從凝膠頂部到底部丙烯酰胺的濃度呈梯度變化。凝膠梯度是通過(guò)梯度混合器形成的,，高濃度的丙烯酰胺溶液首先加入到玻璃平板中,，而后溶液濃度呈梯度下降，因此在凝膠的頂部孔徑較大,，而在凝膠的底部孔徑較小,。梯度凝膠電泳也通常加入SDS，并有濃縮膠,。電泳過(guò)程與SDS－聚丙烯酰胺凝膠電泳基本類似,。
與單一濃度的凝膠相比，梯度凝膠有幾個(gè)優(yōu)點(diǎn)：
① 首先,，梯度凝膠比單一濃度凝膠的分離范圍更寬,，可以同時(shí)分離較大范圍分子量的蛋白質(zhì)。單一凝膠電泳對(duì)于分子量超過(guò)其分離范圍的蛋白質(zhì),，過(guò)大或過(guò)小,，都不能分離,。而梯度凝膠孔徑范圍比單一凝膠大，分子量較大的蛋白質(zhì)可以在凝膠頂部大孔徑部分得到分離,，而分子量較小的蛋白質(zhì)可以在凝膠底部小孔徑部分得到分離,，所以分子量較大和較小的蛋白質(zhì)可以同時(shí)得到分離。例如用4％～30％的梯度膠可以分離分子量5萬(wàn)～200萬(wàn)的蛋白質(zhì),。
② 另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是梯度凝膠可以分辨分子量相差較小,，在單一濃度凝膠中不能分辨的蛋白質(zhì)。電泳過(guò)程中,，蛋白質(zhì)在梯度凝膠中遷移,，經(jīng)過(guò)的孔徑越來(lái)越小，直到凝膠的孔徑不能通透,，這樣電泳過(guò)程中蛋白質(zhì)就被濃縮,，集中在一個(gè)很窄的區(qū)帶中。而分子量略小的蛋白質(zhì)可以遷移得更靠前一些,，被集中在略前面的區(qū)帶中,。由于梯度凝膠孔徑逐步變小，在蛋白質(zhì)不能通透的孔徑附近對(duì)蛋白有濃縮作用,，所以電泳后形成很窄的區(qū)帶,，可以分辨出分子量相差較小的蛋白質(zhì)。對(duì)于太稀的樣品,，在電泳過(guò)程中可以將樣品分幾次加樣,，大小不同的蛋白質(zhì)分子zui終都會(huì)滯留在其相應(yīng)的凝膠孔徑中而得到分離。
③ 可以直接測(cè)定天然狀態(tài)蛋白質(zhì)的分子量而不需要解離為亞基,，因此這一方法可以與SDS-PAGE測(cè)定分子量的方法互為補(bǔ)充,。
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