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原代細(xì)胞分析之全攻略

時間:2018/6/14閱讀:636
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原代細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)NanoString Technologies的科學(xué)家發(fā)現(xiàn),細(xì)胞群體的RNA平均表達(dá)水平不一定與群體中單個細(xì)胞的RNA表達(dá)相同,。例如,,有些基因持續(xù)在低水平表達(dá),而另一些則在短時間內(nèi)大量表達(dá),。對宏觀測定而言,,這樣的表達(dá)模式被平均化。

該公司*的數(shù)字表達(dá)譜分析系統(tǒng)能直接對單個RNA分析進(jìn)行計數(shù),,zui多可分析單細(xì)胞中的800個不同分子,。這是利用nCounter Single Cell Gene Expression Assay中的分子條形碼來實現(xiàn)的,它識別特定的RNA分子,。單細(xì)胞樣品在裂解后,,經(jīng)過逆轉(zhuǎn)錄和預(yù)擴增,隨后與分子條形碼雜交,,純化后在nCounter®分析儀上讀取,。

哈佛大學(xué)的Hongkun Park研究小組與Broad研究院的Aviv Regev研究小組合作,來研究看似均質(zhì)細(xì)胞中的基因表達(dá)異質(zhì)性1,。Park,、Regev及其同事利用一種稱為Smart-Seq的技術(shù),來讀取RNA轉(zhuǎn)錄本的覆蓋,。與原先的RNA-Seq方法相比,,Smart-Seq讓研究人員能夠更詳細(xì)了解mRNA選擇性剪接所產(chǎn)生的異構(gòu)體,同時更好地鑒定單核苷酸多態(tài)性(SNP),。

通過計算機分析,,Regev和Park發(fā)現(xiàn),mRNA豐度和剪接模式都存在之前未觀察到的雙峰(bimodal)變化,,并通過RNA-熒光原位雜交(FISH)對精選轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行了驗證,。如今,他們正在擴展樣品類型,。Park談道:“目前我們正將原代細(xì)胞RNA-Seq方法應(yīng)用在各種免疫細(xì)胞,、神經(jīng)細(xì)胞和癌癥細(xì)胞上,以便了解驅(qū)動細(xì)胞之間變化的因素,、這種變化的動力學(xué)及其生物學(xué)影響,。”

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原代細(xì)胞

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