許多凍干機(jī)帶有自動(dòng)控制系統(tǒng),，并同時(shí)兼?zhèn)溆惺謩?dòng)控制功能，但自動(dòng)控制的方式上各制造廠之間有很大的差別,，用戶必須弄清楚,。
所謂冷凍干燥機(jī)的自動(dòng)控制應(yīng)該包括二個(gè)部分,，一是冷凍干燥機(jī)的各設(shè)備按凍干工藝要求在規(guī)定的時(shí)間自動(dòng)走停，二是凍干箱板層溫度按凍干曲線要求自動(dòng)跟蹤,，整個(gè)凍干進(jìn)程不需要人工操作,，當(dāng)然如果需要也可人工干預(yù)。
但有些凍干機(jī)的自動(dòng)控制是不*的,，僅能自動(dòng)跟蹤凍干曲線，其余部分需人工操作,。
有些凍干機(jī)的自動(dòng)控制僅能到凍干結(jié)束,，凍干結(jié)束之后的箱內(nèi)壓塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自動(dòng)進(jìn)行,，需要人工操作,，特別是蒸汽消毒部分，因涉及到許多閥門控制,，人工操作比較麻煩,，應(yīng)該選擇自動(dòng)消毒程序的冷凍干燥機(jī)。
有些凍干機(jī)的自動(dòng)控制是使用微機(jī),，操作,、編程方便，顯示的語言是凍干語言,，還帶有熒光屏,，打印機(jī)和軟盤，能同時(shí)儲存幾十個(gè)凍程序,，每個(gè)程序內(nèi)容可顯示,，整個(gè)程序內(nèi)容可由打印機(jī)打出。而有冷凍干燥機(jī)的自動(dòng)控制使用的是一種儀表,，操作,、編程均較麻煩，可儲存的凍干程序也較少,。
記錄儀表對冷凍干燥機(jī)來說也是一個(gè)很重要的儀器,，它能把整個(gè)凍干的實(shí)際過程真空地記錄下來，以便日后存查,，記錄儀表大都采用多點(diǎn)記錄儀,，它既能打點(diǎn)，又能直接進(jìn)行文字記錄,，還有數(shù)字顯示系統(tǒng),。
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